1、资金的需求者不同。在我国，债券中小企业融资中政府债券占有很大的比重，信贷中小企业融资中企业则是最主要的需求者。
2、资金的供给者不同。政府和企业通过发行债券吸收资金的渠道较多，如个人、企业与金融机构、机关团体事业单位等，而信贷中小企业融资的提供者，主要是商业银行。
3、中小企业融资成本不同。在各类债券中，政府债券的资信度通常最高，大企业、大金融机构也具有较高的资信度，而中小企业的资信度一般较差，因而，政府债券的利率在各类债券中往往最低，筹资成本最大。与商业银行存款利率相比，债券发行者为吸引社会闲散资金，其债券利率通常要高于同期的银行存款利率；与商业银行贷款利率相比，资信度较高的政府债券和大企业、大金融机构债券的利率一般要低于同期贷款利率，而资信度较低的中小企业债券的利率则可能要高于同期贷款利率。此外，有些企业还发行可转换债券，该种债券可根据一定的条件转换成公司股票，灵活性较大，所以公司能以较低的利率售出，而且，可转换债券一旦转换成股票后，即变成企业的资本金，企业无需偿还。
4、信贷中小企业融资比债券中小企业融资更加迅速方便。例如，我国企业发行债券通常需要经过向有关管理机构申请报批等程序，同时还要做一些印刷、宣传等准备工作，而申请信贷可由借贷双方直接协商而定，手续相对简便得多。通过银行信贷中小企业融资要比通过发行债券中小企业融资所需的时间更短，可以较迅速地获得所需的资金。
5、中小企业融资的期限结构和中小企业融资上有差别。一般来说不愿意提供巨额的长期贷款，中小企业融资以中短期资金为主。在国外，当企业财务状况不佳、负债率过高时，贷款利率较高，甚至根本得不到贷款。因此，企业选择股票中小企业融资更加稳定，中小企业融资期限更长。
6、对资金使用的限制不同。企业通过发行债券筹集的资金，一般可以自由使用，不受债权人的具体限制，而信贷融资通常有许多限制性条款，如限制资金的使用范围、限制借入其他债务、要求保持一定的流动比率和资产负债率等。
7、在抵押担保条件上也有一些差别。一般来说，政府债券、金融债券以及信用良好的企业债券大多没有担保，而信贷中小企业融资大都需要财产担保，或者由第三方担保。
