目前理论界对公司清算的种类划分存在很多观点，如两分法(破产清算与非破产清算)、三分法(破产清算、普通清算、特别清算)、四分法(普通清算、破产清算、特别清算、强制清算。普通清算是由公司股东自行组织清算组，依照法律规定进行的清算;特别清算是由债权人借助法院的审判权进行的命令性行为;破产清算是在债务人不能清偿到期债务、或者资不抵债的情况下，法院根据债权人或者债务人的申请，指定有关人员成立清算组，按照破产程序对债务人的财产进行清算和分配的一种清算;强制清算的前提是公司因违法被强制解散，清算的组织者是有关主管机关)、五分法(在四分法基础上，增加外资企业清算)。
总体上来说，关于破产清算(《公司法》第一百八十八条)与普通清算(《公司法》第一百八十四条)规定很明确，没有争议。存在争议的就是破产清算与普通清算以外的清算如何界定及分类。
新《公司法》第一百八十四条规定，公司因本法第一百八十一条第(一)项(公司章程规定的营业期限届满或者公司章程规定的其他解散事由出现)、第(二)项(股东会或者股东大会决议解散)、第(四)项(依法被吊销营业执照、责令关闭或者被撤销;)、第(五)项(人民法院依照本法第一百八十三条的规定予以解散)规定而解散的，应当在解散事由出现之日起十五日内成立清算组，开始清算。有限责任公司的清算组由股东组成，股份有限公司的清算组由董事或者股东大会确定的人员组成。逾期不成立清算组进行清算的，债权人可以申请人民法院指定有关人员组成清算组进行清算。人民法院应当受理该申请，并及时组织清算组进行清算。这就是特别清算的法律依据。
特别清算实际上是界于普通清算与破产清算之间，在普通清算有障碍时，经债权人申请，由法院指定清算组成员，按照特别清算程序进行的清算。
公司特别清算的申请人只限于公司债权人，组织清算机构的只限于法院，那么其他当事人能否申请法院指定清算组成员进行清算?如股东根据〈公司法〉第一百八十三条规定申请法院解散公司后，大股东不组织清算的，小股东能否申请法院指定清算组呢? 行政主管部门在做出吊销营业执照、责令关闭或撤销处罚后，能否组织清算或申请法院指定清算组强制清算呢?这些除债权人向法院申请的清算以外的非破产清算是否属于特别清算呢?
特别清算应属于比较宽泛的概念，凡通过法院介入指定清算组成员的非破产清算均应属于特别清算。《公司法》第一百八十四条虽然只规定了债权人申请特别清算，但申请特别清算的主体不应局限于债权人，股东、行政主管机关也可作为申请人，对于其他情形下清算出现障碍无法清算而向法院申请清算的，法院也应当将这些清算作为特别清算予以受理。
具体包括以下几种特殊情形：
(一)关于由股东申请的特别清算问题。
《公司法》第一百八十三条规定：公司经营管理发生严重困难，继续存续会使股东利益受到重大损失，通过其他途径不能解决的，持有公司全部股东表决权百分之十以上的股东，可以请求人民法院解散公司。第一百八十四条规定，人民法院依照本法第一百八十三条的规定予以解散的，应由股东自行组织清算，逾期不清算的，债权人可以申请法院指定清算组，但对股东是否也可以申请法院指定清算组，法律没有规定。
(二)关于依法被吊销营业执照、责令关闭或者被撤销的公司的清算问题。
《公司法》第一百八十一条第(四)项依法被吊销营业执照、责令关闭或者被撤销的，应当按照《公司法》一百八十四条规定进行清算。但逾期未成立清算组进行清算的，债权人可以申请法院指定清算组成员。同样的问题，是否只能由债权人提起特别清算?债权人或股东均未申请法院指定清算组成员进行特别清算的，作为作出处罚决定的行政主管机关能否组织清算或向法院申请特别清算呢?
在此前的各种法律规定中行政主管部门具有组织清算的职责，如原《公司法》第一百九十二条规定：公司违反法律、行政法规被依法责令关闭的，应当解散，由有关主管机关组织股东、有关机关及有关专业人员成立清算组，进行清算。最高人民法院《关于适用<中华人民共和国民法通则>若干问题的意见》第59条规定：企业法人解散或被撤销的，应当由其主管机关组织清算小组进行清算。1995年7月26日生效实施《深圳经济特区企业清算条例》(于2006年9月26日深圳市第四届人民代表大会常务委员会第八次会议通过决议废止)，第5条规定：深圳市人民政府工商行政管理部门是企业清算的主管机关，依法对企业清算进行监督和管理。这种清算通常被称为强制清算。
虽然法律规定似乎很明确，但确实不具有可操作性。在实际操作中，行政主管部门只负责做吊销执照的处罚，根本没有也不可能对吊销的企业组织清算。国家工商总局曾专门下发通知，明确规定吊销营业执照的，由公司股东自行清算，工商行政管理部门不负责组织清算。最高人民法院副院长李国光在2001年11月13日的《当前民商事审判工作应当注意的问题》中提出指导意见：“对企业被吊销营业执照情况下的处理，……有限责任公司的清算主体是全体股东"。新〈公司法〉修订后，取消了行政主管部门组织清算的规定，第一百八十四条明确规定公司被吊销执照后的清算主体是股东，在立法层面上否定了带有计划经济特色的行政主管部门组织清算的规定。
行政主管部门在吊销营业执照、责令关闭或者撤销公司登记后，不能组织清算，但是否可以作为申请人向法院申请特别清算，法律没有规定，但我认为是可行的，至少在公司被撤销的情况下，作出撤销决定的行政主管机构应当向法院申请特别清算。在香港公司法中，规定注册暑、破产署可以根据职权申请公司清盘。
(三)关于外资企业的特别清算问题。
1996年7月9日原外经贸部颁布的《外商投资企业清算条例》中，规定特别清算由原审批部门组织实施，没有规定司法救济渠道，目前法院的做法是对外资企业清算案件不受理。
但随着公司法等法律的修订，及《深圳经济特区企业清算条例》的废止，实际在立法层面上在否定由行政主管部门组织清算的做法，改变了审批部门既是清算责任人，也是清算结果的审批者，既是运动员又是裁判员的局面，同时也逐步实现内资外资企业同等国民待遇。因此，可以预见《外商投资企业清算条例》被废止已经为时不远了，对由审批机关组织的外资企业清算也将作为特别清算案件纳入法院受理案件的范围。
因此，三分法是最好的界定方法，即对公司清算分为普通清算、特别清算及破产清算。但与传统的三分法不同的是：特别清算的申请人不局限于债权人，还应包括股东、行政主管机关等;特别清算的组织者仅限于法院，不包括行政主管部门。
