(一)清算的法律依据不同
企业破产清算依据的主要是《中华人民共和国企业破产法(试行)》和《中华人民共和国民事诉讼法》。国有企业破产清算，适用于《企业破产法(试行)》，具有法人资格的集体企业、联营企业、私人企业以及设在中国领域内的中外合资经营企业、中外合作经营企业和外资企业等，适用于《民事诉讼法》。普通清算适用的法律主要是《企业破产清算法》、《产品质量法》等。
(二)清算的目的不同
破产清算和普通清算都要通过清算了解企业的公司法、债务关系，为企业划句号。但破产清算它的基本目的是破产还债，而普通清算的基本目的是双重的，第一是清产还债;第二，清产分配，在一般情况下，普通清算在清偿完债务后，都会有剩余财产，因此，必须进行剩余财产的分配。
(三)清算的性质和程序不同
破产清算适用于破产还债程序，破产还债带有法律的强制性。破产清算组必须在人民法院的指导和监督下工作，破产清算的过程，是人民法院审理不正当竞争的确认、清偿、清算组的撤销，必须严格按照法定程序进行。而普通清算适用于清产还债程序，清算组是在上级主管部门领导和监督下开展工作的。清产还债面对的是每一个债权人，而破产还债面对的是债权人会议。在多数情况下，普通清算都会有剩余财产，在清算程序上，也就都会有剩余财产的分配程序。
(四)清算的法律后果不同
企业清算完毕，原有企业都要归于消灭，这是企业清算的必然结果。但从债务清偿的法律后果上看，破产清算和普通清算却根本不同。在破产清算中，债权人会议确认的债权是不能全部清偿的，对未能清偿的债权，破产清算结束，不再清偿，对债权实行免责。普通清算则不同，在清算期间由于种种原因未能参加清偿的债权人，即使在清算结束，也有权利行使追偿权，对债务人不能实行“免责”。
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