电子商业汇票是新型的无纸化的支付结算工具，它是流转于电子商业汇票系统内的数据电文，因此诸如票据的真伪、保管、传递、诈骗等原有票据市场常见的风险将不复存在。电子商业汇票面临的风险基本上就等同于电子商业汇票系统所面临的信息技术的安全风险问题了，比如说数据文件丢失、系统运行瘫痪、网络遭遇攻击，各种病毒入侵等。
针对电子商业汇票可能遇到的各种安全威胁和风险，人民银行和各商业银行、财务公司做了积极地、全面的预防措施。首先在软硬件物理环境上，电子商业汇票系统采用高可靠性的网络和计算机设备，数据信息全部采用加密加押，对系统用户进行权限控制，对节点采取签到控制，建立异地灾备系统和病毒防范等防范措施，确保系统运行的安全稳定。同时，商业银行和财务公司在各自的系统建设中也充分考虑了安全因素，制定了行内安全运行措施和应急方案。此外，为保障电子商业汇票系统安全稳定运行，在规章制度方面，中国人民银行已经制订了《电子商业汇票系统运行管理办法》、《电子商业汇票系统证书管理办法》、《电子商业汇票系统危机处置预案》。其中，《电子商业汇票系统运行管理办法》从岗位管理、操作管理、系统维护管理、安全管理、机房管理、设备管理、文档管理和故障处理等方面进行规定，防范系统运行风险;《电子商业汇票系统证书管理办法》从岗位职责和证书管理方面对数字证书管理进行详细规定;《电子商业汇票系统危机处置预案》明确了对于突发事件的危机处置、预防与预警、应急保障等方面的处置流程。
