银行本票的结算程序，基本上包括签发本票和款项结算两个阶段。
( l )申请签发银行本票。
① 申请人向银行交存款项，填写“银行本票申请书”，申请签发银行本票
② 银行向申请人签发银行本票。
③ 申请人(付款人)持票在同城范围内办理结算。
④ 收款人持本票、进账单到开户银行办理收款。
⑤ 收款人开户银行收妥人账，并退回进账单回单给收款人。
⑥ 银行间传递凭证，划转款项。
付款单位需要使用银行本票办理结算，应向银行填写一式三联“银行本票申请书”，详细写明收款单位名称、申请人名称、支付金额、申请日期等各项内容。如申请人在签发银行开立账户的，应在“银行本票申请书”第二联上加盖预留银行印鉴。申请人和收款人均为个人，需要支取现金的应在申请书上“支付金额”栏注明“现金”字样。申请人或收款人为单位的，不得申请签发现金银行本票。“银行本票申请书”的格式由中国人民银行各分行确定和印制。
在签发不定额本票时，如果是用于转账的，在本票上划去“现金字样”;如果是用于支取现金的，在本票上划去“转账”字样。最后，银行把本票第一联连同“银行本票申请书”存根联一并退给本票申请人。
银行受理银行本票申请书，在收妥款项后，据以签发银行本票。申请人取回本票后应借记“其他货币资金― 银行本票”，贷记“银行存款”。
( 2 )出票。
申请人持银行本票可以向填明的收款单位或个体经济户办理结算。
按照《 票据法》 规定，本票必须记载下列事项：
① 表明“本票”的字样。
② 无条件支付的承诺。
③ 确定的金额
。
④ 收款人名称。
⑤ 出票日期。
⑥ 出票人签章。
本票上未记载上述规定事项之一的，本票无效。本票上记载付款地、出票地等事项的，应当清楚、明确。本票上未记载付款地的，出票人的营业场所为付款地。除了上述规定事项外，本票上可以记载其他出票事项，但是该记载事项不具有汇票上的效力。
( 3 )收款人受理银行本票。
收款人收到银行本票后，应审查下列事项：
① 收款人是否确为本单位或本人。
② 银行本票是否在提示付款期限内。[page]
③ 必须记载的事项是否齐全。
④ 出票人签章是否符合规定，不定额银行本票是否有压数机压印的出票金额，并与大写出票金额一致。
⑤ 出票金额、出票日期、收款人名称是否更改，更改的其他记载事项是否由原记载人签章证明。
收款人审查无误后，填写一式两联进账单连同收到的银行本票，交本单位开户银行办理收款人账手续。收款人为个人的也可以持转账的银行本票经背书向被背书人的单位或个体经济户办理结算，具有“现金”字样的银行本票可以向银行支取现金。
( 4 )银行间划拨资金。
收款人开户行收妥人账后，通知收款人。付款人开户行和收款人开户行办理资金划拨。
