通常而言，私募股权投资基金按照以下主要流程进行运作：
(一)项目选择和可行性核查
由于私募股权投资期限长、流动性低，投资者为了控制风险通常对投资对象提出以下要求：
优质的管理，对不参与企业管理的金融投资者来说尤其重要。
至少有2至3年的经营记录、有巨大的潜在市场和潜在的成长性、并有令人信服的发展战略计划。
行业和企业规模(如销售额)的要求。投资者对行业和规模的侧重各有不同，金融投资者会从投资组合分散风险的角度来考察一项投资对其投资组合的意义。
估值和预期投资回报的要求。由于不像在公开市场那么容易退出，私募股权投资者对预期投资回报的要求比较高，至少高于投资于其同行业上市公司的回报率。
3-7年后上市的可能性，这是主要的退出机制。
另外，投资者还要进行法律方面的调查，了解企业是否涉及纠纷或诉讼、土地和房产的产权是否完整、商标专利权的期限等问题。很多引资企业是新兴企业，经常存在一些法律问题，双方在项目考查过程中会逐步清理并解决这些问题。
(二)投资方案设计、达成一致后签署法律文件
投资方案设计包括估值定价、董事会席位、否决权和其他公司治理问题、退出策略、确定合同条款清单并提交投资委员会审批等步骤。由于投资方和引资方的出发点和利益不同、税收考虑不同，双方经常在估值和合同条款清单的谈判中产生分歧，解决这些分歧的技术要求高，所以不仅需要谈判技巧，还需要会计师和律师的协助。
退出策略是投资者在开始筛选企业时就十分注意的因素，包括上市、出让、股票回购、卖出期权等方式，其中上市是投资回报最高的退出方式，上市的收益来源是企业的盈利和资本利得。由于国内股票市场规模较小、上市周期长、难度大，很多外资基金都会在海外注册一家公司来控股合资公司，以便将来以海外注册的公司作为主体在海外上市。
(三)监管
投资者一般不会一次性注入所有投资，而是采取的分期投入方式，每次投资以企业达到事先设定的目标为前提。实施积极有效的监管是降低投资风险的必要手段，但需要人力和财力的投入，会增加投资者的成本，因此不同的基金会决定恰当的监管程度，包括采取有效的报告制度和监控制度、参与重大决策、进行战略指导等。投资者还会利用其网络和渠道帮助合资公司进入新市场、寻找战略伙伴以发挥协同效应、降低成本等方式来提高收益。另外，为满足引资企业未来公开发行或国际并购的要求，投资者会帮其建立合适的管理体系和法律构架。
