1、治理结构的内生性缺陷，导致主张成员权益的纠纷增多
基于股份合作制企业的产权结构、组织结构和分配制度，忽视了共有资产所有权、使用权、处置权、收益权的界定，使共有资产没有明确的出资人和管理规章，股东身份与股权份额难以确认；在公共积累资产等企业收益中，对离退休人员（动态的、不断增加的群体）的利益分享，没有明确的操作办法；对股权转让的具体操作以及企业不同时期净资产的变化，缺乏有效的定价、转让机制。在不动产大幅增值的情况下，一部分退休、离职股东主张要求按增值后的潜在利润计入企业净资产，作为股东退股价的定价标准，从而使原本正常经营的企业面临着“卖厂——分钱——停产、破产——走人”的严峻局面，给企业正常发展、劳动力就业、社会稳定带来诸多负面影响，形成新的社会不稳定因素。
2、监管服务部门的缺位制约了企业的进一步发展
由于政府机构改革和机构职能调整，目前没有专门的政府机构和职能部门牵头负责股份合作制企业的政策制定、规范监管和服务机制。2001年下半年由市促进小企业发展协调办公室牵头完成的对暂行办法的修改草案，曾按有关程序上报，至今尚无下文。在全市范围内，对股份合作制企业的监管指导、跟踪服务、问题协调等处于缺位状态，企业出现的许多问题和矛盾在初期未能得到及时有效的解决。
3、政策的滞后、法律法规的缺失使司法审判陷于困境
长期以来，国家和地方关于股份合作制企业的政策法规未能随着经济环境的变化作相应的修改和完善，原有政策已经滞后甚至是在某种程度上阻碍了企业的发展。《关于发展城市股份合作制企业的指导意见》（以下简称“指导意见”）、《上海市股份合作制企业暂行办法》（以下简称“暂行办法”）等政策法规，原则性强，操作性差，甚至是其中有注明将另行规定的，至今未有下文。国家体改委指导意见和市政府暂行办法不属于法律和行政法规，在法院的裁判文书中，不能作为裁判依据直接引用。与股份合作制企业相关的法律法规严重缺失，法官在审理相关案件时无从依据、参照，使法官的司法裁判、法律适用处于两难境地。
股份合作制：是以合作制为基础，实行以劳动合作与资本合作相结合，按劳分配与按股分红相结合，职工共同劳动，共同占有生产资料，利益共享，风险共担，股权平等。
设立股份有限公司，应当有二人以上二百人以下为发起人，其中须有半数以上的发起人在中国境内有住所。
股份有限公司采取发起设立方式设立的，注册资本为在公司登记机关登记的全体发起人认购的股本总额。
在发起人认购的股份缴足前，不得向他人募集股份。
股份有限公司采取募集方式设立的，注册资本为在公司登记机关登记的实收股本总额。
法律、行政法规以及国务院决定对股份有限公司注册资本实缴、注册资本最低限额另有规定的，从其规定。
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