一、关于登记管辖
《办法》第四条第三款规定：“市、县工商行政管理机关负责本辖区内的合伙企业登记。”其中“市”是指县级市。此外，大中城市中的工商行政管理分局的登记管辖权，按照《国务院办公厅关于大中城市工商行政管理分局执法权限问题的答复》(国办函〔1995〕59号)执行。各省、自治区、直辖市工商行政管理局应加强对本地区合伙企业登记管理工作的指导。
二、关于出资权属证明
出资权属证明是合伙人实际缴付的出资所有权或者使用权证明。以货币出资的，应在合伙协议中载明或出具全体合伙人认定的书面文件;以实物出资的，应出具实物的所有权或许可用于合伙企业投资的使用权证明;不能取得所有权和使用权证明的，应当有全体合伙人认定的书面文件;以土地使用权出资的，应出具土地使用权证明;以知识产权出资的，应出具知识产权的所有权或使用权证明;以劳务出资的，应在合伙协议中载明或出具经全体合伙人认定的书面文件。
三、关于变更登记
《办法》第十一条规定：“合伙企业登记事项发生变更，应当于作出变更决定或者变更事由发生之日起15日内，向原企业登记机关申请变更登记。” “作出变更决定”的登记事项，包括合伙企业名称、经营范围、经营方式、经营场所。这些登记事项的变更，合伙企业必须在全体合伙人作出变更决定15日内，到企业登记机关申请变更登记;其他登记事项，应在其发生变更后的15日内，到企业登记机关申请办理变更登记。
“合伙人姓名”发生变更，既包括原合伙人姓名的改变，也包括因合伙人的退伙或入伙而引起的合伙人的变更。
四、关于异地设立分支机构的登记程序
合伙企业在异地设立分支机构的登记程序为：1、合伙企业应当按《办法》第十九条规定向设立分支机构所在地的企业登记机关提交有关文件以及合伙协议，申请分支机构的设立登记;2、分支机构所在地的企业登记机关核准分支机构设立后，应当开具《分支机构登记通知书》;3、合伙企业持加盖印章的分支机构营业执照复印件，到合伙企业所在地的企业登记机关办理合伙企业的变更登记。
五、关于分支机构的注销登记
分支机构注销登记后，应到合伙企业所在地的企业登记机关办理变更登记。合伙企业办理注销登记，应当先行办理分支机构的注销登记。
六、关于分支机构设立登记的时间
合伙企业分支机构设立登记的时间，比照《办法》第九条合伙企业设立登记的时间执行。
七、关于合伙企业的年检
(一)年检时间：年检起止日期为每年1月1日至4月30日。企业登记机关在规定的时间内，对企业上一年度的情况进行检查。合伙企业向企业登记机关报送年检材料最迟不得超过3月15日。
(二)年检提交文件：年检报告书、资产负债表和损益表、营业执照副本等文件。分支机构年检，应持合伙企业营业执照复印件到其所在地的企业登记机关办理。
(三)合伙企业通过年检的，在营业执照正、副本上粘贴年检标识。
(四)合伙企业年检报告书格式、年检标识样式以及其他有关年检的重要文书表式，由国家工商行政管理局统一制定。
八、关于合伙企业法出台前原登记的个人合伙和合伙型私营企业的规范问题
合伙企业法出台前，按照《城乡个体工商户管理暂行条例》和《私营企业暂行条例》登记的个人合伙和合伙型私营企业，根据经营者的意愿，可以保留原来的身份，也可以申请注销原来的个人合伙和合伙型私营企业，再依据《办法》申请登记为合伙企业。对保留原来身份的个人合伙和合伙型私营企业，仍然按照《城乡个体工商户管理暂行条例》或者《私营企业暂行条例》进行管理。
九、关于合伙企业注册登记收费问题
合伙企业的注册登记费，包括开业注册登记费、变更登记费、年检费以及补(换)证、照及领取营业执照副本的收费，按照国家物价局、财政部《关于发布工商行政管理系统行政事业性收费项目和标准的通知》(〔1992〕价费字414号)执行。
