中国现行的合伙企业税制只适用于对由国内自然人组成的合伙企业征收个人所得税，而新的合伙企业法允许公司等商业组织以及外国投资者加入中国合伙企业，带来现行合伙企业税制不能解决的问题。
新的合伙企业税制必须尽快解决两组问题：(1)允许所得在分配给合伙人时性质保持不变，即允许所得性质“上传”;(2)防备纳税人利用合伙特殊分派而达到避税的目的。本文建议，新合伙企业税制暂时不应允许亏损现期分派，因为必要的配套制度(如确立出资账目及债务分派制度)对中国税务机关和纳税人来说都过于复杂。
2006年8月27日修订通过的《合伙企业法》已于2007年6月1日起实施。修改后的《合伙企业法》第6条规定：“合伙企业的生产经营所得和其他所得，按照国家有关税收规定，由合伙人分别缴纳所得税。”《合伙企业法》在我国首次以法律的形式确定了合伙企业不缴纳企业所得税这一原则;新的《企业所得税法》也重申了这一原则。[1]然而，新的合伙企业征税办法至今尚未发布。这就意味着希望设立合伙企业的个人和企业无法得知新的合伙企业如何课税，因此也暂时不能有所行动。合伙企业的现行税制—主要是财政部、国家税务总局的《关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定》 (财税[2000]91号，以下简称“旧《合伙企业所得税规定》”)—仅仅适用于由自然人组成的合伙企业，而如下文所阐明，现行的合伙企业税制恐怕很难实现新的《合伙企业法》的立法目的。因此，起草合伙企业税收规则是财税部门之当务之急。
着眼点是新《合伙企业法》中的两项革新造成的合伙企业所得税制问题。这两项革新分别为：其一，企业和自然人均可以成为合伙人;其二，外国主体(包括企业和自然人)也可以成为中国合伙企业的合伙人。
修订前的《合伙企业法》(1997年8月1日实施，以下简称“旧合伙企业法”)只允许自然人成为合伙人。任何企业(无论是公司还是独资企业、合伙、甚至个体工商户)共同设立具有合伙企业性质的企业—即至少有一方对企业债务承担无限责任—只能采用民法通则所承认的联营形式。“合伙”型联营企业也需缴纳企业所得税，尽管联营者(等同于合伙人)的利润所得有时可以免于纳税。换言之，具备法人条件与不具备法人条件的联营企业的纳税方式相同。在新合伙企业法出台之前，我国法律也并不承认由自然人和企业共同设立的合伙企业。
在旧合伙企业法的框架下，外国的自然人和企业既不得自己设立、也不得与中国的合伙人共同设立按旧合伙企业法、民法通则以及其他通常适用于合伙企业的法律所规定的合伙企业。他们在我国设立合资企业的行为由专门适用于外商投资的特别制度加以规范。就目前外商投资企业的一些形式，存在着类似于对合伙企业的收入不由合伙企业纳税而由合伙人纳税的原则性规定。例如，《外商投资企业和外国企业所得税法实施细则》第7条规定：“不组成企业法人的中外合作经营企业，可以由合作各方依照国家有关税收法律、法规分别计算缴纳所得税，也可以由该企业申请，经当地税务机关批准，依照税法统一计算缴纳所得税。”另外，国家税务总局《关于外商投资创业投资公司缴纳企业所得税有关税收问题的通知》(国税发[2003]61号)规定，符合《外商投资创业投资企业管理规定》的、组建为非法人的创投企业，“根据税法细则第7条的规定，可由投资各方分别申报缴纳企业所得税;也可以由创投企业申请，经当地税务机关批准，统一依照税法的规定，申报缴纳企业所得税。”然而，一方面这些政策的实施情况怎样尚无法得知，另一方面如我们将在下文所看到，针对外国合伙人征税是一个非常复杂的问题，相关的制度不会自动成形。最后需要指出的是，外资企业也可以采取非法人组织形式，但与非法人中外合作经营企业差别在于，对非法人外资企业缺乏原则性的税收规定。
