公司合并指两家以上的公司不经过清算程序，直接合并成为一家公司的法律行为。
小股东有权积极参与股东大会决议，并作出公司合并的特别决议
董事会起草的公司合并协议草案并非已经成立和生效的合同。只有当合并各方公司的股东会分别作出同意合并的特别决议后，公司才能依法成立。股东会有权对公司合并、分立、解散、清算或者变更公司形式作出决议(《公司法》第38条第1款第9项)。
公司合并对公司股东来说关系重大，公司合并属于资本绝对多数决事项，而非资本简单多数决事项，公司合并决议属特别决议，而非普通决议。因此，股东会作出公司合并的决议时，必须经代表三分之二以上有限责任公司表决权的股东通过(《公司法》第44条第2款)，或者必须经出席会议的股东所持股份有限公司表决权的三分之二以上通过(《公司法》第104条第2款)。倘若公司发行了不同类别的股份，那么公司合并决议还需得到各类股份股东以绝对资本多数决规则表示同意。
小股东有权对有瑕疵的公司合并决议寻求司法救济
《公司法》第22条则严格区分了股东会决议和董事会决议的不同瑕疵，并在此基础上分别规定了不同的救济措施：公司决议内容违反法律、行政法规的无效；股东会会议召集程序、表决方式违反法律、行政法规或者公司章程，或者决议内容违反公司章程的，股东可以自决议作出之日起六十日内，请求人民法院撤销。有此制度设计，控制股东及其一致行动人在行使表决权、企图坑害公司和股东利益之前不得不三思而行。
小股东有权对无效的公司合并协议寻求司法救济
违反《公司法》、《合同法》和其他法律、行政法规中强制性规定的公司合并协议无效。鉴于公司合并涉及多方公司及其股东、职工、债权人等利益相关者的切身利益，公司合并无效只能由法院通过司法审查程序予以确认。公司合并中的小股东均可向法院提起公司合并无效确认之诉。
强化董事在公司并购活动中对小股东的诚信义务
在公司购并活动中，公司董事和高管往往直接参与公司购并的重大决策和秘密谈判，因而享有信息优势。品德有瑕疵的董事和高管可以轻而易举地通过损害公司及其中小股东利益，换取自身的经营宝座和财产利益。因此，有必要强化董事和高管的诚信义务尤其是忠诚义务。《公司法》第148条第1款要求董事、监事、高级管理人员遵守法律、行政法规和公司章程，对公司负有忠实义务和勤勉义务。
上市公司控制权交易中目标公司董事和高管的诚信义务
首先，目标公司管理层在遇有控制权收购的情形时，应始终以目标公司及其小股东利益最大化作为一切行动的出发点。《上市公司收购管理办法》第8条要求目标公司的董事、监事、高级管理人员既要对公司负有忠实义务和勤勉义务，而且要公平对待收购本公司的所有收购人。目标公司董事会针对收购所做出的决策及采取的措施，应当有利于维护公司及其股东的利益。
其次，目标公司管理层原则上应当对敌意收购保持克制、理性的中立态度，无权为了谋求个人私利而推出反收购措施。
其三，只有在履行对目标公司的信托义务、以维护公司利益(包括股东和利益相关者根本利益)必须的例外情况下，董事会方可依据法律和公司章程的规定建议股东会采取必要的反收购措施。
公司合并时董事和高管的诚信义务
作为董事对公司履行勤勉义务的重要组成部分，合并各方的董事会应当负责代表各自所在公司就合并事项进行充分协商，草签合并协议或者拟定意见一致的合并方案，并经各方公司董事会分别讨论通过。
我国《公司法》没有规定公司合并协议的主要条款，意在鼓励契约自由。虽然立法者没有规定公司合并协议草案的内容，但是基于董事和高管的诚信义务，他们有义务为自己所在公司的股东谋取到法律和资本市场允许的最佳的公司合并条件。
激活股东代表诉讼机制，追究董事和高管的失信责任
为鼓励小股东捍卫公司合法权益，《公司法》在广泛借鉴国外先进立法经验、判例和学说的基础上，大胆突破了《民事诉讼法》第108条第1项的规定，引进了股东代表诉讼制度。根据《公司法》第152条之规定，倘若公司董事、监事、经理、控制股东及其他第三人不法侵害公司合法权益，而公司董事会或监事会又拒绝或者怠于对不法侵害人提起诉讼，则有限责任公司中的任何股东、股份有限公司中连续180日以上单独或者合计持有公司1%以上股份的股东有权为了公司的利益以自己的名义直接向人民法院提起股东代表诉讼。
为保护公司利益和中小股东利益在公司合并过程中免受公司高管的侵害，股东代表诉讼制度大有可为。当前的主要问题点是，由于胜诉利益归属公司而非原告股东，法律未明确原告股东的利益补偿机制，致使小股东缺乏提诉的经济动因。
