股东转让出资后，可能出现股东名册与公司记载之间不一致的情况，对此公司应当及时办理变更登记，保持股东名册与公司登记之间的一致性。如果没有经过登记，或者没有及时办理变更登记，则不得对抗第三人，即第三人通过受让出资等方式成为公司股东并记载于股东名册后，如果没有在公司登记机关办理相关登记的，不能主张该第三人的股东资格无效。
有人认为股权转让的生效时间应从办理工商变更登记之日起生效，依据是国家工商局在《关于股权转让有关问题的答复》(工商企字[2000]第262号)“股东转让股权，出让人与受让人签订转让协议后，受让人直接支付出让人已缴付的出资额，不必再向公司重新入资，经公司变更登记后成为公司股东”的规定。
依据这一规定认定股权转让的生效时间是不妥的，理由有二：
1、股权转让是当事人之间依双方的约定而产生的民事法律行为，是双方之间订立的合同，根据我国《合同法》第四十四条和最高人民法院《关于适用〈合同法〉若干问题的解释》第四条的规定，只有法律、行政法规才有权规定合同应当办理批准、登记手续后生效。现在在我国立法中，还没有有限责任公司股东转让股权，要在办理工商变更登记手续后才能生效的规定，国家局的文件不是法律、行政法规。
2、国家局的《关于股权转让问题的答复》规定与新《公司法》第三十三条第二款的规定即“记载于股东名册的股东，可以依股东名册行使股东权利” 相悖，根据法律文件的位阶和新旧，现在应不予执行。
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