1、涉及股份合作制企业纠纷的法律适用
股份合作制企业既不同于有限责任公司，也不是合伙企业，审理该案件的主要依据是企业章程，参照国家体改委《关于发展城市股份合作制企业的指导意见》（1997年8月6日发布）。
2、涉及企业改制而发生公司纠纷的法律适用
涉及企业改制而发生的公司纠纷分为与企业改制相关的民事纠纷和基于改制后公司法律关系发生的民事纠纷。与企业改制相关的民事纠纷包括企业改制过程中发生的民事纠纷和因企业改制涉及他人民事权益而引发的民事纠纷，该类民事纠纷应当适用最高人民法院《关于审理与企业改制相关的民事纠纷案件若干问题的规定》；企业完成公司制改造成立的有限责任公司、股份有限责任公司、国有独资公司基于公司法律关系发生的民事纠纷应当适用《公司法》。
3、中外合资、合作企业、外资企业如何适用《公司法》
《公司法》第十八条规定，"外商投资的有限责任公司适用本法，有关中外合资经营企业、中外合作经营企业、外资企业的法律另有规定的，适用其规定。"据此，中外合资、合作企业、外资企业纠纷应当首先适用《中外合资经营企业法》《中外合资经营企业法实施条例》、《中外合作经营企业法》、《中外合作经营企业法实施细则》、《外资企业法》，《外资企业法实施细则》。上述法律没有规定的，应当适用《公司法》。
4、公司章程与《公司法》条款规定不一致时的法律适用原则
公司章程是股东之间协议，是公司的组织准则与行为准则，只要不违反法律、行政法规的强制性规定，公司章程即具有法定约束力。公司章程与《公司法》条款规定不一致时，应当结合具体案件判定所涉及法条的性质是否属于强制性规定，凡所涉法条不属于强制性规定的，即不影响公司章程效力。
