(一)股权转让合同的生效、例外
原则上成立时即生效时，但有例外，如有关企业或行业转让股权需经许可、登记生效等，当事人也可以附条件、附期限。但双方的约定违反逻辑的无效。
(二)股权转让合同的效力和变动的效力
不能因为未办理登记就认为未发生效力，是两个不同的法律关系。确认股权的三大证据包括：基础证据、推定证据、对抗证据。在股东名册和工商登记中，核心是股东名册，但股东名册有相反证据可以推翻，工商登记可对抗第三人。如果股权诉讼中涉及股东资格认定时，应列公司为第三人。
(三)股权转让后股东超过50人的合同效力
有限公司设立时规定股东不得超过50人，但未规定股权转让后不得超过50人，但实践中较难做到，解决办法：股权信托，可以有隐名股东。
(四)股东出资瑕疵对股权转让效力的影响
瑕疵股权可以转让，但有可能构成可撤销的情形，如果受让方明知瑕疵仍让愿意受让，认定有效，但转让方恶意，受让方不知，受让方有撤销权。
(五)慎重对待无效、可撤销合同
应当确立与人为善原则，能弥补的尽量弥补，按照有效、可撤销、无效程序认定。即能认定有效的不要撤销，能认定可撤销的不要认定无效。
(六)一股多卖问题
包括横向，即一股卖给了数个受让人；纵向，即甲卖给乙、乙卖给丙等。具体的解决办法包括：1、尽量筛选出行使撤销权的人，即退出购买返还股金。2、继续履行的，确认享有事实上、法律上优先购买权的股东有效。3、无优先购买权的股东。
因为股权是准物权，因此法院应当裁判保护享有法定优先权的股东，即判决有优先购买权的股东股权转让有效。其余买家无效，但可以行使民事上的债权人权利。
如果受让人都签订了合同、支付了转让款，就要注意股权转让是否发生效力，即股东名册是否变更，如果某一个已办理变更，因受让人已取得股东资格，原转让人就无权再转让，另一个转让就是无效的，无效的受让人只能依据合同法追究原转让人的违约责任。
