(一)出资瑕疵股权转让问题
出资瑕疵股权转让涉及股权转让合同的效力、瑕疵股权责任承担认定等问题，股权受让方往往以欺诈或显失公平为由，主张股权转让协议无效，或请求撤销转让协议、或者拒绝支付股权转让款或调整股权转让价款、承担相应责任等。另外，诉讼中也存在公司、其他股东或债权人起诉股权转让双方，要求双方补足出资、消除股权瑕疵的纠纷。
目前理论界和实务界一般认为，股东未出资或出资不实等情形不影响股权的设立和享有，瑕疵股权仍具有可转让性，瑕疵股权转让并不当然无效。公司具有外观性和公示性等商事特征，股权以通过公司登记等外观形式表现出来，具有公示和公信效力，瑕疵出资的股东享有股权，同时考虑到立法中授权资本制下的股东部分出资、瑕疵股权转让前后公司既成法律关系的稳定以及股权连续转让情况下善意第三人的保护，瑕疵股权转让不被法律所完全禁止并作无效处理。我国新公司法第26条规定股东出资额可在公司成立后两年内缴足，第28条规定股东不按规定交纳出资的，应当向按期足额出资的股东承担违约责任，第31条规定了非货币出资股东的补足差额的责任。公司法未因瑕疵出资而否定股东资格，亦未规定禁止瑕疵股权的转让。因此，如果股权转让受让人或者转让人仅以股权存在瑕疵为由请求确认股权转让合同无效，法院应不予支持。
瑕疵股权转让不能产生无效的法律后果，并意味着股权转让当然具有法律效力。瑕疵股权转让，一般分为受让人知道或应当知道股权存在瑕疵和受让人不知道或不应当知道股权瑕疵两种情形。对于第一种情形，受让人知道股权存在瑕疵仍接受转让，应当对此承担相应的法律后果，与转让人共同承担出资瑕疵责任。对于第二种情形，受让人不知道或者不应当知道股权瑕疵并签订了转让协议，可以转让人存在欺诈或显失公平为由请求法院撤销股权转让协议。受让人可行使撤销权基于以下几个理由：首先，转让人负有告之股权存在瑕疵的诚实信用义务，如隐瞒股权瑕疵情况，即因对受让人欺诈而应当承担合同责任;其次，瑕疵股权的转让，会对无辜的受让人显失公平而产生一定的法律责任，受让人有权就自己受到的损害获得相应的法律救济;第三，撤销权的依据是我国合同法第54条之规定，当事人因一方以欺诈、胁迫或者乘人之危在对方违背真实意思表示情况下订立的合同，当事人因在订立合同时显失公平的，可以请求法院或仲裁机构变更或者撤销。根据合同法第55条规定，受让人行使撤销权应当自知道或者应当知道撤销事由之日起一年内行使。受让人主张行使撤销权，应当举证证明转让之股权存在转让方虚假出资等瑕疵情形以及自己不知道或者不应当知道。如受让方举证证明的事实成立，转让方未证明受让方存在知道或者应当知道的事实，则受让方主张撤销转让协议的诉讼请求则可以给予支持，但为维护公司的交易安全和关系稳定及考虑其他因素，应当尽可能维持既存法律关系和公司秩序，在给予受让方合理补偿的情况下，也可驳回撤销转让协议的诉讼请求。在诉讼法律关系中，虽然协议仅涉及转让方和受让方，但为查清股权真实情况和有关转让事实，同时查清公司经营和发展情况及征询公司的意见，可以将公司列为无独立请求权的第三人参与诉讼。
股权转让协议无效或者撤销的诉讼请求不予支持，瑕疵股权转让产生的损害赔偿责任并不能因此消灭。瑕疵股权应当得到补正，不实出资应当补足。在股权已经转让的情况下，应当由转让人抑或受让人承担补足出资责任，我国新公司法未做规定。国外立法例一般规定由转让人和受让人共同承担补足出资的责任。如德国有限责任公司法第16条第3项规定，对于申报时股份中尚未支付的款项，购买人与出让人共同承担责任;法国商事公司法第282条第1款、第2款规定，未支付股款的股东、相继的受让人和认股人对股票未支付股款负连带责任。公司可在出售前或出售后，或同时对他们提起诉讼以获得应支付的股款和对已承担的费用的补偿。对公司进行补偿者可对所支付的款项向股票的相继持有人索取。债款最后由股票的最后持有人承担。转让人与受让人对未支付的出资承担连带责任有其法理依据，股权转让仅发生在转让人和受让人之间，对于公司而言，转让是否存在善意、转让的协议内容或履行等情况的掌握和了解，对于公司而言成本过大且不必要，如果转让人与受让人之间存在转让恶意，逃废出资责任，公司无力查晓和制止。由转让人和受让人承担共同责任，可以将查知股权的真实状况责任局限于转让双方，符合权利义务均衡原则和合同相对性原则，受让人在承担责任后可根据合同继续追究转让方责任，对于受让人并无不公平之处。股权瑕疵影响公司资本的充实，公司当然有权作为原告起诉要求转让人和受让人承担共同出资补缴责任，公司其他股东基于公司法规定的股东出资补缴的违约责任，将在股权本身未发生变化情况下转让人和受让人作为一体，作为原告起诉;或者，股东可提起派生诉讼，代表公司起诉。债权人是否可以作为原告起诉转让人和受让人的出资补缴责任，存在争议。股东出资不足影响公司资本对债权的担保，债权人基于公司法规定的公司资本制度可以请求股东不足出资，特别在公司资产不足以承担对外债务时，债权人有权要求出资不足的股东承担补足出资的责任以保全债权。因此，对于债权人的诉讼请求应给予支持。受让人在承担补足出资责任后，可依合同约定或连带责任向未出资或未足额出资的转让股东追偿损失。
(二)特殊权利瑕疵股权转让问题
转让股东应当保证股权的合法存在，对股权存在瑕疵的情况如实披露，否则应承担权利瑕疵担保责任。受让人明知股权被用于担保、被查封或公司处于破产、关闭、清算程序中仍签订股权转让合同，受让人当然承受股权瑕疵后果，转让人不承担瑕疵担保责任。受让人不知权利瑕疵并且转让方未尽披露义务，转让方承担权利瑕疵担保责任。受让方可以获得的救济途径包括：拒绝支付转让款;要求转让方去除被担保或被查封的股权的权利瑕疵危险义务;减少转让价款;在有违约金约定的情况下可请求违约金的支付;解除合同;在股权丧失后，可以请求损害赔偿。对于解除转让合同的请求，法院仍应慎重支持，理由已如前述。
