按照《中华人民共和国公司登记管理条例》第31条规定：“公司变更股东的，应当自股东发生变动之日起30日内申请变更登记，并应当提交新股东的法人资格证明或者自然人的身份证明”。也就是说，公司股权发生变化的首先应到工商部门办理变更登记，然后主动就个人股权转让行为到地税部门申报纳税。
根据《中华人民共和国个人所得税法实施条例》第八条第九款规定“财产转让所得，是指个人转让有价证券、股权、建筑物、土地使用权、机器设备、车船以及其他财产取得的所得”，因此，个人转让股权的所得属于财产转让所得项目，应缴纳个人所得税。财产转让所得按次征收，税率是20%，其应纳税所得额则根据《中华人民共和国个人所得税法》第6条第五款规定“财产转让所得，以转让财产的收入额减除财产原值和合理费用后的余额，为应纳税所得额”来计算，因此，股权转让所得应缴纳的个人所得税＝（股权转让收入－取得股权所支付的金额－转让过程中所支付的相关合理费用）×20%。（关于原值及费用的确定，纳税人必须提供有关合法有效凭证。）
另外，所订立的股权转让协议属产权转移书据，立据双方还应按协议价格（所载金额）的万分之五缴纳印花税。
