为了规范自然人(以下简称个人)股东股权转让所得个人所得税的征收管理，提高征管质量和效率，堵塞征管漏洞，国家税务总局先后下发了《关于加强股权转让所得征收个人所得税管理的通知》(国税函[2009]285号，以下简称“285号文”)和《关于股权转让所得个人所得税计税依据核定问题的公告》(国家税务总局公告2010年第27号，以下简称“27号文”)，对有关问题进行了明确。为此浙江侯律师提醒股权转让人，在办理股权转让时，要注意有关涉税程序和特殊政策的规定。
一、先履行纳税义务再办理股权变更登记手续
根据“285号文”的规定，股权交易各方在签订股权转让协议并完成股权转让交易以后，至企业变更股权登记之前，负有纳税义务或代扣代缴义务的转让方或受让方，应到主管税务机关办理纳税(扣缴)申报，并持税务机关开具的股权转让所得缴纳个人所得税完税凭证或免税、不征税证明，到工商行政管理部门办理股权变更登记手续。股权交易各方已签订股权转让协议，但未完成股权转让交易的，企业在向工商行政管理部门申请股权变更登记时，应填写《个人股东变动情况报告表》(表格式样和联次由各省地税机关自行设计)并向主管税务机关申报。
此外，按照《中华人民共和国公司登记管理条例》第31条规定：“公司变更股东的，应当自股东发生变动之日起30日内申请变更登记，并应当提交新股东的法人资格证明或者自然人的身份证明”。也就是说，股权交易各方在签订股权转让协议并完成股权转让交易以后至企业变更股权登记之前，负有纳税义务或代扣代缴义务的转让方或受让方，应先到主管税务机关办理纳税(扣缴)申报，再持有关证明到工商行政管理部门办理股权变更登记手续；如果已签订股权转让协议，但未完成股权转让交易的，发生股权变化的公司在向工商部门办理变更登记时，应当场填写《个人股东变动情况报告表》，然后转让方或受让方及时主动就个人股权转让行为到地税部门申报。
二、股权转让个税的计算及主管税务机关
1、股权转让个税的计算及计征依据
《个人所得税法》及其实施细则规定，个人转让股权的所得属于财产转让所得项目，以转让财产的收入额减除财产原值和合理费用后的余额，为应纳税所得额，按20%税率缴纳个人所得税，按次征收。股权转让所得应缴纳的个人所得税=(股权转让收入-取得股权所支付的金额-转让过程中所支付的相关合理费用)×20%(关于原值及费用的确定，纳税人必须提供有关合法有效凭证)。
根据“27号文”的规定，个人转让股权所得税按照公平交易价格计算并确定计税依据。计税依据明显偏低且无正当理由的，主管税务机关可采用以下方法核定：(1)参照每股净资产或纳税人享有的股权比例所对应的净资产份额核定股权转让收入。对知识产权、土地使用权、房屋、探矿权、采矿权、股权等合计占资产总额比例达50%以上的企业，净资产额须经中介机构评估核实。(2)参照相同或类似条件下同一企业同一股东或其他股东股权转让价格核定股权转让收入。(3)参照相同或类似条件下同类行业的企业股权转让价格核定股权转让收入。(4)纳税人对主管税务机关采取的上述核定方法有异议的，应当提供相关证据，主管税务机关认定属实后，可采取其他合理的核定方法。
计税依据明显偏低且无正当理由是指：申报的股权转让价格低于初始投资成本或低于取得该股权所支付的价款及相关税费的；申报的股权转让价格低于对应的净资产份额的；申报的股权转让价格低于相同或类似条件下同一企业同一股东或其他股东股权转让价格的；申报的股权转让价格低于相同或类似条件下同类行业的企业股权转让价格的；经主管税务机关认定的其他情形。正当理由主要包括：所投资企业连续三年以上(含三年)亏损；因国家政策调整的原因而低价转让股权；将股权转让给配偶、父母、子女、祖父母、外祖父母、孙子女、外孙子女、兄弟姐妹以及对转让人承担直接抚养或者赡养义务的抚养人或者赡养人；经主管税务机关认定的其他合理情形。
2、主管税务机关
《中华人民共和国个人所得税法》及国家税务总局印发的《个人所得税代扣代缴暂行办法》规定，在股权转让中如发生应税所得，以所得人为纳税义务人，以支付应税所得的单位或个人为个人所得税扣缴义务人。由于纳税义务人和扣缴义务人往往不在同一地，这里涉及主管税务机关问题。按照“285号文”的规定，个人股东股权转让所得个人所得税以发生股权变更企业所在地地税机关为主管税务机关。纳税人或扣缴义务人应到主管税务机关办理纳税申报和税款入库手续。目前对证券市场上股票转让所得暂不征收个人所得税。
三、个人股东转让股权有四项特殊政策规定
除了上述办税程序问题，以下四项个人股东转让股权的特殊规定也应该引起重视：
1、以转让公司全部资产方式股权转让所得个人所得税的征收。《国家税务总局关于股权转让收入征收个人所得税问题的批复》(国税函[2007]244号)规定，全体股东以转让公司全部资产方式将股权转让给新股东，原股东取得股权转让所得，按“财产转让所得”项目征收个人所得税。原股东根据持股比例先清收债权、归还债务后，再对每个股东进行分配：应纳税所得额=(原股东股权转让总收入-原股东承担的债务总额+原股东所收回的债权总额-注册资本额-股权转让过程中的有关税费)×原股东持股比例。原股东根据持股比例对股权转让收入、债权债务进行分配：应纳税所得额=原股东分配取得股权转让收入+原股东清收公司债权收入-原股东承担公司债务支出-原股东向公司投资成本。原股东承担的债务不包括应付未付股东的利润。
2、转让股权取得违约金如何交纳个人所得税。《国家税务总局关于个人股权转让过程中取得违约金收入征收个人所得税问题的批复》(国税函[2006]866号)规定，股权成功转让后，转让方个人因受让方个人未按规定期限支付价款而取得的违约金收入，按照“财产转让所得”项目计算缴纳个人所得税，税款由取得所得的转让方个人向主管税务机关自行申报缴纳。如果股权没有转让成功，取得的违约金收入不用缴纳个人所得税。
3、收回转让的股权分两种情形交纳个人所得税。《国家税务总局关于纳税人收回转让的股权征收个人所得税问题的批复》(国税函[2005]130号)第一条规定，股权转让合同履行完毕、股权已作变更登记，且所得已经实现，转让行为结束后，当事人双方签订并执行解除原股权转让合同、退回股权，是另一次股权转让行为。即按两次股权转让行为缴纳个人所得税；第二条规定，股权转让合同未履行完毕，因执行仲裁委员会作出的解除股权转让合同及补充协议的裁决、停止执行原股权转让合同，并原价收回已转让股权，不用缴纳个人所得税。
4、转让改组改制企业的量化资产股权个人所得税的征收。《国家税务总局关于企业改组改制过程中个人取得的量化资产征收个人所得税问题的通知》(国税发[2000]60号)规定，职工个人以股份形式取得的拥有所有权的企业量化资产，暂缓征收个人所得税，但个人将股权转让时，应就其转让收入额减除个人取得该股份时实际支付的费用支出和合理转让费用后的余额，按“财产转让所得”项目计征个人所得税。而对职工个人以股份形式取得的企业量化资产参与企业分配而获得的股息、红利，应按“利息、股息、红利”项目征收个人所得税。注意，《国家税务总局关于联想集团改制员工取得的用于购买企业国有股权的劳动分红征收个人所得税问题的批复》(国税函[2001]832号)中有关国税发[2000]60号文规定适用范围进行了解释：一是暂缓征税的前提是集体所有制企业改制为股份合作制企业，二是暂缓征税的分配方式，是在企业改制时将企业的所有资产一次量化给职工个人。
