由于实践中情况复杂，可能出现当事人签署了股权转让协议，甚至已经完全履行了合同义务，但股东出资的转让却未记载于股东名册，未办理或未能办理工商变更登记手续，使受让方的权利受到影响，进而引发争议的情况。下面对此作一分析。
在实践中，一些公司根本未设置股东名册，股东转让出资的情况自然也就不可能记载于股东名册之上。有的公司虽然设置有公司股东名册，但是未依照股东的要求，将股东出资的转让记载于股东名册。也有的股东在转让出资后，未要求或提示公司对股东名册进行变更登记。这时，股权的转让是否发生法律效力？对当事人的权益又有何影响呢？如前所述，在无特别约定的情况下，无论公司是否设置有股东名册，股东转让出资未到股东名册上进行登记的，不影响股权转让的法律效力。《公司法》第36条也明确规定，将出资转让情况“记载于股东名册”，是在“股东依法转让其出资后”，即股权转让已经发生法律效力之后。不过，虽然这时出资的转让在股东之间有效，但其股权转让是否具有对抗公司及第三人之效力，便须具体分析了。
在因股东之过错，使公司误以为出资转让未进行或尚未完成，而未对股东名册进行变更登记时，公司依照原有股东名册进行的会议通知、利润分配等活动是有效的，由此给受让股东造成的损失，由转让双方根据过错情况协商解决，此间风险自行承担。
在因公司之过错，而未在股东转让出资后对股东名册进行变更登记的情况下，无论股东名册是否进行了变更登记，公司均应依照出资已经转让后的新情况，进行会议通知、利润分配等活动。同时，公司应依法对股东名册进行相应变更。否则，公司应承担因此给受让股东造成的损失。因为股东名册虽为证明股东身份之法定文件，公司应依据股东名册进行相关活动，但这仅是在无相反证据的情况下适用的原则，现公司已经明知股东情况依法发生变化，仍不改正，自然应承担侵权行为之后果。至于对公司不依法设置股东名册的行为，更应由责任者承担因此而产生的一切法律后果。
