改制企业小股东权益之所以受到侵害，既存在适用公司制度的结构性原因，更有企业改制过程中特有的先天性原因。加之，改制企业中的众多小股东基本是由“政策引导”形成的，所以，科学地分析原因，是完善相关法律机制的前提，才能更进一步地推进现代企业制度的发展。
就结构性原因而言，包括以下几方面：
1、公司的表决原则直接导致小股东的利益容易受到侵犯。
《公司法》第41条规定“股东会会议由股东按照出资比例行使表决权”，第106条规定“股东出席股东大会，所持每一股份有一表决权” 显然，享有不同股权的股东和持有不同股份的股东享受的权利肯定是不同的，出资较多的大股东必然在公司重大经营决策方面享有表决权优势，当出资达到一定数量时就极易控制股东会，进而控制董事会和公司的经营管理权。在这种情况下，公司的经营决策反映的将是占控制地位股东的意志和利益。如果没有相应的对抗制约，权力被滥用的结果，势必是众多小股东的利益受到侵害。
2、公司的发展趋势导致中小股东的利益容易受到侵犯。
现代公司制度是按照“分权——制衡”模式建立起来的，公司的最高权力机关是股东大会，它决定着公司的重大事项，股东的权利正是通过股东大会的表决权来行使的。而现代公司的权力趋势正由“股东大会中心主义”向“董事会中心主义”转化。公司实际被大股东、董事所控制，他们总是尽可能利用公司，实施对其利益有好处的决策，而忽视公司及小股东的利益。
3、公司治理结构的缺陷。我国传统公司的治理结构分为三个层次，权力互相制衡。但由于我国公司法对于监事会的规定并不完善，事实上监事会也没能有效地监督董事会和股东会，因而也无从保护中小股东的利益。
4、经营结构的因素。当大股东与公司经营行业的相关程度越高的时候，大股东也就越容易通过关联交易、利润转移等方式侵吞公司资产，小股东也越因此而受到侵害。
除了上述结构性原因外，改制企业小股东权益受侵犯还有先天性原因。
1、我国现阶段的大部份公司，就某种意义上讲不是新设公司，而是由原来的非股份制企业通过股份制改革转化而来的，有不少地方的政府把改制当作一种行政目的和任务来完成，急于赶进度、凑数量，对在改制中如何保护职工的权益、改制后又如何切实保障小股东权益却考虑较少。以致出现改制时一手操办，改制后放任不管的现象。客观上导致了改制企业先天发育不足，小股东权益保护缺乏天然的屏障。
2、旧观念根深蒂固，旧体制名亡实存，小股东难以摆脱受制地位。大多数国有企业、城镇集体企业的改制主要限于原企业内部进行，且实行由原企业的经营管理层持大股的产权制度改革模式，所以对改制企业的职工而言，虽然也具有股东身份，享有参与企业的权力，但他们的劳动关系、工资、社会福利事项仍与公司保持着与改制前没有区别的行政关系。名义上的所有者地位并未改变他们在行政上处于受管理的境地。另外由于缺乏相应的保护机制，他们不敢也无法去抵制董事会的决策。这也使得小股东权益保障制度处于虚置状态。导致的后果便是企业外部形式作了一些调整，而内部管理机制并没有实质性改进，转变企业经营机制的目标仍旧没有实现。
3、小股东受大股东经营管理权和控股权的双重挤压，股东的天然权利难以得到保障。我国采用原企业经营者持大股的改制模式，其初衷是为了调动经营者的积极性，实现责权利三者的统一，但是，由于缺乏持股比例控制、监管机制、法律责任等相关配套制度约束，他们在成了改制最大的受益者的同时，却只需付出与权利极不对等的义务。小股东实际上处于依附、从属的地位，知情权、表意权、决策权、监督权均受限制甚至被剥夺。另外由于股东会、董事会、监事会未能充分发挥各自职能，进行有效地互相制约，因而小股东的权利实难得到有效的保障。最后，企业的治理机制非但没能向现代企业的方向发展，反而向地主制复归。[page]
