隐名股东与显名股东之间的权利义务关系目前法律没有明确规定，都是通过双方之间的出资协议确定的。为了尽可能的降低隐名股东的投资风险，出资协议应当尽量完善。协议中应当约定各方的出资比例、利润分配比例、显名股东表决权所代表的利益、显名股东私自处分股权的违约责任、因显名股东自身原因造成隐名股东股权受损的赔偿责任等等事项。
隐名股东如实际参与公司的经营管理，行使股东的权利并承担相应义务，仅未办理股东变更登记手续，应该认定为具有股东资格，并责令办理变更登记。由于隐名投资本身就是一种非常容易产生纠纷的投资方式，所以为了避免日后纠纷产生时自己处于不利局面，并且良好的保护自己的权益。隐名股东应当妥善的保管好各类证据。
如纠纷已经发生，而又不能通过相关协议、协商解决的，则应尽快通过司法途径加以解决。
第一，投资前与显名股东签订书面的代持股协议。签订书面代持股协议一方面是目前司法实践中确认隐名股东地位的一个重要要求，另一方面也通过书面形式将所有权利义务固定下来，避免将来发生纠纷。如果您已经是隐名股东却没有和显名股东签署该协议，那么要尽快补签一份，因为这对双方都有利。签订协议时应当包括以下几方面内容：
1、双方姓名、户籍地址、实际居住地址、身份资料、联系方式；
2、隐名股东拟投资的企业名称、注册地址、注册资本、投资总额、主要经营范围；
3、代持股的原因以及代持股股份总数；
4、双方权利义务；
5、违约责任；
6、诉讼或者仲裁管辖。
第二，法人代表人选最好由隐名股东本人或者其信任的人担任，因为法人代表不一定要由股东担任，由董事长（执行董事）、总经理都可担任法定代表人，并且外国人也可以担任法人代表。在经营过程中很多事情可能需要法人代表签名。
第三，公司在银行的预留印鉴最好采用印章加隐名股东签名的形式。手写签名相对于印章更能保护隐名股东对财务的控制权利。
第四，隐名股东在管理公司过程中要以股东的身份预留签字，例如在股东决议等文件中。如果发生纠纷，隐名股东的确权抗辩更加充分。
第五，隐名股东最好使本公司员工清晰地认识到公司的真正股东是谁。该条规定也是实践中遵循的一条规定，切忌仅仅以公司董事长或者总经理的身份内部管理。
第六，隐名股东所有针对公司的投资必须留有书面记录，并且投资的资金一定要经过其本人的帐户中转。该条规定非常关键，因为隐名股东实际投资是证明自己股东身份的直接证据。
第一，对成为显名股东的限制。
在公司内部，基于有限公司的“人合性”，隐名股东要想成为显名股东，需要经过其他股东过半数同意。这是因为，实际出资人请求公司变更股东、签发出资证明书、记载于股东名册、记载于公司章程并办理公司登记机关登记等，已经突破了一般显名股东与隐名股东双方合同约定的范围，实际出资人将从公司外部进入公司内部，成为公司的成员。此种情况下，应参照《公司法》第七十二条第二款规定的股东向股东以外的人转让股权，应当经其他股东过半数同意。在实践中也有例外，就是公司及公司的其他股东知道或者应当知道隐名股东的存在，而且隐名股东实际上也一直在参与公司的经营管理，并已实际以股东身份行使股东权利的，在隐名股东与其他股东或者公司之间发生的权益纠纷中，应认定其他股东或公司对隐名股东的股东资格时予以认可的，在法律关系中应确认隐名股东的实际股东资格。（《关于审理公司纠纷案件若干问题的规定（一）》第十九条“出资人与他人约定以该他人名义出资的，其约定不得对抗公司。但有限责任公司半数以上的其他股东明知实际出资人的出资，且公司已经认可以其以股东身份行使权利的，如无违反法律强制性规定的情节，人民法院可以认定实际出资人对公司享有股权。”）
第二，对外不得具有股东身份。
第三，对显名股东承担责任的赔偿义务。
依据登记制度的公信力，公司债权人要求显名股东在未出资本息范围内承担补充赔偿责任，而显名股东不得以其为名义股东为由，行使对公司债权人的抗辩权，故显名股东在向债权人承担赔偿责任后，可以向隐名股东追偿。
根据我国《公司法》及司法解释的规定，可以概括为三个方面：
第一，认可隐名股东的投资收益。
第二，对于显名股东的无权处分，适用善意取得制度。
第三，对显名股东无权处分的追偿权。
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