当然可以开，子公司和母公司是独立的纳税主体，子公司既然已经发生了销售行为，就应该开增值税专用发票，这样子公司可以确认收入，母公司可以抵扣进项，是最完整的业务。
不过这个业务还应该重点从两个方面注意。
子公司和母公司之间的业务属于关联交易，如果是上市公司，从报表披露角度，是审计关注的重点。从税务角度，又是税务机关查避税的重点。
举个简单的例子。母公司有历史遗留的亏损，也有进项没抵扣，若是税务和会计不查，那完全可以让子公司以非常低的价格卖产品给母公司，这样母公司的利润可以用以前年度的亏损弥补，不需要交企业所得税；大部分的销项在母公司可以用进项抵扣，增值税也少了。这样，公司整体来看不是赚死了。
所以，关联交易的定价就非常重要，必须要同时满足税法和会计的要求。如果只是偶然性的业务，定价可能还简单一点，按照当时的市场价，或者参考其它外部客户的价格。总之，就是必须让税务局认可，觉得没有猫腻才可以。若是长期性的供应关系，那通常是要去税务局备案的，跟税务局确定用什么样的定价方式，税务局认可后还不能随便说想改就能改回来。
楼主提到的子公司作为母公司的供应商，在集团公司非常常见，比如子公司是生产工厂，而母公司负责统一销售。在这个业务模式中，到底以一种怎样的方式来处理账务和税务，就会有很不一样的结果。
最通见的处理模式是，子公司将货卖母公司并开票，由母公司再销售。这中间就涉及到之前所说的定价问题，如果定价没处理好，最后可能会导致子公司和母公司的增值税很不划算，比如定价低了，可能子公司当地税务局不同意，定价高了，又可能导致母公司长期亏损，进项浪费。
母公司也还可能采取代销的模式，母公司与子公司之间平进平出，母公司不留主营业务的利润。这样就会涉及另一个问题，母公司必须向子公司收管理费，这些管理费也是必须要开票的，这相当于是母公司额外的税赋。而且代销的模式，对资金结算有很高的要求，必须及时给子公司回款。从某种意义上说，又不便于集团的管理。
公司复杂的业务，在考虑业务模式时，一般要同时考虑与税务有关的问题，否则可能因为管理需要带来税务风险。
1、全体股东身份证原件；
2、法定代表人相片（1寸相片2张）；
3、各股东间股权分配情况；
4、自拟公司名称或名称核准通知书原件；
5、自拟公司的经营范围（国家专营专控的行业需要提供批文）；再由工商局审核通过；
6、公司住所的租赁合同（租期一年以上并经房管局备案）一式二份及相关产权证明（非住宅）；
如公司为生产型企业，必须要公安局消防科的消防验收许可证。
注：1、如果法人做股东需提供执照副本复印件查名，执照、代码、地国税、基本户正本、法人身份证原件开户。
2、如果只有一人股东成立公司，需另个提供多一个监事人的身份证复印件；
第一步：名称查询
第二步：银行验资
第三步：工商受理出执照
第四步：办理代码
第五步：办理国地税
第六步：去银行开基本账户
时间：出执照（5个工作日）代码证（2个工作日）国地税证（7个工作日）基本户帐户（10工作日左右）。
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