我国上市公司在公司治理中出现的问题主要表现在：
1．国有股股权虚置。我国上市公司股权结构的突出特点是国有股、法人股所占比重过大，社会公众股比重小而且股权分散。由于上市公司中作为国有股股东的国家并不具有人格属性，因此国家必然要将所有权委托其指定的人(一般是企业的负责人)来代行国有股股东的权利，这些代理人虽然可以成为董事会或股东大会的一员但从根本上讲他们并不是财产的最终所有者，这些人与真正的所有者(国家)的利益函数不一致，因此他们在一定程度上不可能像真正的股东那样关心国有资产的营运效率以及国有资产的保值增值。因此国有股所有权缺位也就成为我国上市公司在公司治理时首要解决的问题。
2．独立董事制度的独立性不充分。我国推行的独立董事制度已经为证券市场所接受，但实施结果并不令人满意，其根本原因是独立董事作为中小股东的利益代理人的独立性遭到质疑，我国《公司法》规定独立董事应由股东大会选出，但由于我国上市公司股本结构的特殊性即国有股或法人股占有绝对或者相对的控股地位，所以独立董事的选举难免为大股东的代理人(内部控制人)所决定，从而在一定程度上削弱了独立董事的独立性，因此独立董事在某种程度上无法担负起代表中小股东的社会责任。
与此同时作为公司治理重要组成部分的财务治理也由于“内部人控制”和“委托代理关系”的严重失衡使其财务机制无法合理运行，财务目标难以实现，直接表现在四个层次：
1．我国上市公司财务信息质量的不高。财务治理的最根本层次是财务信息质量的管理，我国部分上市公司由于公司治理结构的不完善、不健全导致了我国上市公司严重的信息质量问题，这主要是由于“内部人控制”导致。公司经理人为操纵利润，公司对外提供的财务信息根本无法真实反映企业的经营成果，财务状况，对重大财务风险，财务事项不予披露或模糊披露，从而侵蚀国家或社会公众投资者的合法利益。因此只有完善的公司治理机制才能建立起与此相适应的财务管理、监督机制。
2．由于“委托代理关系”的严重失衡造成了公司财务治理目标的扭曲。由于我国的上市公司中有很大一部分是由国家重点、大型国有企业改制而成，这些企业一般分布在国家重点行业或领域，支撑着国民经济的命脉，但同时也担负着多重的社会责任，这就造成了这些上市公司企业目标的多元化，因此也就决定了企业财务治理并不是以企业利润最大化而是以企业价值最大化为目标。企业价值最大化要考虑如公司员工、债权人、政府、公众投资者、消费者、供应商、销售商、社会责任等诸多相关者的利益问题，这在某种程度上与企业经理人的直接利益相矛盾，而“所有者缺位”又使得内部控制人可以很容易达到牺牲社会利益而获得个人私利的目的。
3．直接导致公司资本结构不合理。由于公司治理的有效性在很大程度上取决于公司的资本结构，进而影响企业的财务治理模式。债权和股权不仅可以看作融资工具而且是可以相互取代的治理方式。我国上市公司的经理人在投
融资决策时往往倾向于选择股权融资，而不愿选择成本相对较低的债务融资，因为债务融资使经理人担负着定期还款付息的压力，偿还债务的需要可以减少管理者为自己谋利的机会(比如津贴等)，债务合约迫使经理在未来支付现金，减少了经理可以支配的自由现金流量，从而减少自由现金流量的代理成本。经理人对债务融资的偏好导致公司非优化的资本结构。
4．上市公司财务报表审计制度的削弱。财务报表是公司披露财务信息的主要载体，使广大利益相关者了解上市公司情况，做出正确决策的依据。证监会也要求上市公司在选聘或改换会计师事务所时必须经股东大会批准，这就形成了股东与会计师事务所的委托代理关系。但由于内部人控制，公司的经理人已经成为公司的实际控制者，这层委托代理关系已经被扭曲为经理人聘用会计师事务所审计自己。同时会计师事务所的审计业务存在着供大于求的现象，因此会计师事务所与经理人之间就有着显而易见的利益关系。
