审批管制方面的差异
我国企业债券的发行安排中，国家发展改革委员会会同中国人民银行、财政部、中国证监会拟订全国企业债券发行的年度规模和规模内的各项指标，报国务院批准后，下达各省、市、自治区人民政府和国务院有关部门执行。企业发行企业债券必须按规定进行审批，实际发行过程中，通常要求有银行等具有较好资信的机构予以担保，以防止风险。
《公司债券发行试点办法》中规定，申请发行公司债券，必须由中国证监会核准。对债券担保不实行行政上的强行要求。在对发行额度的限制方面，规定公司在"本次发行后累计公司债券余额不超过最近一期末净资产额的百分之四十;金融类公司的累计公司债券余额按金融企业的有关规定计算。"
对于发行价格的规定，《企业债券管理条例》中明确了"企业债券的利率不得高于银行相同期限居民储蓄定期存款利率的百分之四十";而《公司债券发行试点办法》对公司债券的发行定价没有此类严格限制，发行价格由发行人与保荐人通过市场询价确定。
发行机制上的差异
《公司债券发行试点办法》规定，发行公司债券，可以申请一次核准，分期发行。自中国证监会核准发行之日起，公司应在六个月内首期发行，首期发行数量应当不少于总发行数量的50%;剩余数量应当在二十四个月内发行完毕，发行数量由公司自行确定。超过核准文件限定的时效未发行的，须重新经中国证监会核准后方可发行。在《企业债券管理条例》中，没有对发行期间的明确规定。但在企业债券的发行实践中，国家发改委也会对核准文件有一定的时效规定。
债券登记存管、上市交易方面的差异
企业债券发行结束后，首先是在中央国债登记结算有限责任公司进行登记托管。企业债券的转让即可在银行间债券市场也可在证券交易所进行。若需要在证券交易所上市交易，需要将上市债券从中央国债登记结算有限责任公司转托管到中国证券登记结算有限责任公司。
试点期间，公司债券拟采取网上发行和网下发行相结合的方式。参与上海证券交易所网上发行的投资者须持有在中国证券登记结算有限责任公司上海分公司开立的首位为A、B、D、F的证券账户。网上发行以1,000元面值为一个认购单位，按"时间优先"的原则确认成交。债券上市后，投资者可在上证所竞价交易系统和固定收益证券综合电子平台进行交易，并适用《上海证券交易所债券交易实施细则》和《上海证券交易所固定收益证券综合电子平台交易试行办法》的相关规定。投资者从事公司债券现券交易按证券账户进行申报，实行净价交易、全价结算。公司债券净价交易比照国债相关规定执行。固定收益证券综合电子平台一级交易商可申请对公司债券做市，并按电子平台的相关规定开展与客户的协议交易。
