三证合一如何开票各地方政策不同，还有各地税务官方不是很明确，具体政策咨询当地税务机关，以下仅供参考：
是否要更换发票专用章
1.新设立的企业，用统一社会信用代码刻制发票专用章。具体式样和尺寸规定参照《国家税务总局关于发票专用章式样有关问题的公告》(国税总局公告2011年第7号)。
2.纳入“三证合一”范围的存量企业因工商登记信息变更换发载有18位统一社会信用代码营业执照的，其纳税人识别号应同时变更。
但在当前技术条件下，企业识别号变更会带来CA数字证书的换发、三方协议的变更、防伪税控系统的重新发行等一系列后续工作。如企业目前暂不需要做税号变更，可暂不刻换发票专用章，待技术问题进一步解决后再变更税号并且刻换发票专用章。
如何开具发票
1.给新设立的企业开票，一般情况下按照18位信用代码作为纳税人识别号开具发票
特别提醒：个别地方对新设立的企业开票，虽已取得新的三证合一(18位信用代码)，也按照一定的规律从18位信用代码取15位纳税人识别号，那就需要把按规律取得15位纳税人识别号作为纳税人识别号开具发票
如：厦门自贸区内新办企业三证合一的18位注册号去掉开头的2位数和最后的1位数，剩下的15位就是税务登记证号码。
2.给纳入“三证合一”范围的存量企业，若企业当地暂不需要做税号变更，按照原15位纳税人识别号开具发票;若企业当地已将18位信用代码作为纳税人识别号，按照18位信用代码作为纳税人识别号开具发票;
3.“三证合一”之后，企业通过税控器具应当能够为已取得18位信用代码的客户开具发票。如果无法开具，企业应立即与税控设备服务商联系，尽快进行系统升级。
提醒：在CA数字证书的换发、三方协议的变更、防伪税控系统的重新发行等一系列后续工作，未全面用18位信用代码作为纳税人识别号期间，最好咨询接收发票企业当地的政策，到底是按18位信用代码作为纳税人识别号，还是15位纳税人识别号进行开票。
