2000年1月1日起正式施行的《中华人民共和国个人独资企业法》（以下简称个人独资企业法），从法律上规定了个人独资企业的形式。而一人有限责任公司的出现，是《中华人民共和国公司法》（以下简称公司法）修改中的一个亮点，它降低了有限责任公司的设立门槛，有利于广泛吸纳社会资金，促进经济发展和扩大就业。如果仅从字面上理解，一人有限责任公司，特别是自然人独资有限责任公司与个人独资企业似乎非常相近、没有多大区别。税务机关在自然人独资有限责任公司到底是征收个人所得税还是企业所得税的问题上，内部也存在很大争议。事实上，两者在具体内容和法律实质上却存在很大的差别，特别是在所得税征收管理上存在着较大差异。
一、个人独资企业与一人有限责任公司的设立主体不同。
根据个人独资企业法第二条的规定，“本法所称个人独资企业，是指依照本法在中国境内设立，由一个自然人投资，财产为投资人个人所有，投资人以其个人财产对企业债务承担无限责任的经营实体”。
根据公司法第五十八条第二款的规定，“本法所称一人有限责任公司，是指只有一个自然人股东或者一个法人股东的有限责任公司”。
由此可见，一人有限责任公司的“一人”与个人独资企业的“个人”的涵义并不相同，一人有限责任公司的设立主体-----“一人”，既可以是自然人，也可以是法人，而个人独资企业的设立主体----“个人”，只能是自然人，因此，一人有限责任公司的设立主体的范围比个人独资企业更为广泛。
二、个人独资企业与一人有限责任公司的法律形式不同。
在法律形式上，根据《中华人民共和国民法通则》的规定，一人有限责任公司属于法定的民事主体，具有法人资格，能够以自己的名义享有民事权利和承担民事义务。而个人独资企业属于非法人组织，虽然也可以以自己的名义进行民事活动，但在法律形式上不具有法人的资格。
三、个人独资企业与一人有限责任公司的所得税政策不同。
在所得税税收政策适用上，对于个人独资企业的税收政策适用相对比较简单，根据国发2000[16]号《国务院关于个人独资企业和合伙企业征收所得税问题的通知》的规定，“自2000年1月1日起，对个人独资企业和合伙企业停止征收企业所得税，其投资者的生产经营所得，比照个体工商户的生产、经营所得征收个人所得税”。也就是说，对于个人独资企业的生产经营所得，投资者并不需要先行缴纳企业所得税，而只需要比照个体工商户的生产、经营所得缴纳个人所得税。
而一人有限责任公司则较为复杂。根据《中华人民共和国企业所得税暂行条例》及相关法规的规定，一人有限责任公司属于企业所得税的纳税义务人，公司因生产经营而产生的利润应当首先依法缴纳企业所得税。在此基础上，一人有限责任可将税后利润分配给股东，此时根据投资主体的不同在所得税处理处理方法上也有所不同。
如果投资主体是自然人，那么根据《中华人民共和国个人所得税法》的有关规定，投资者应就税后分配利润，按照“利息、股息、红利所得”项目缴纳个人所得税；
如果投资主体是法人，根据《国家税务总局关于企业股权投资业务若干所得税问题的通知》（国税发[2000]118号）的规定：“凡投资方企业适用的所得税税率高于被投资企业适用的所得税税率时，除国家税收法规规定的定期减税、免税优惠以外，其取得的投资所德应按规定还原为税前收益后，并入投资企业的应纳税所得额，依法补缴企业所得税”。也就是说，当被投资企业----一人有限责任公司适用的企业所得税税率高于投资方适用的企业所得税税率时，对于一人有限责任公司分回的股息、红利，国家不向投资者（法人）退还一人有限责任公司因适用较高税率而多缴的企业所得税；当被投资企业----一人有限责任公司适用的企业所得税税率低于投资方适用的企业所得税税率时，除国家税收法规规定的定期减税、免税优惠外，投资方需要补缴企业所得税。
