(一)公司治理结构设计股东会、董事会、监事会、经营班子关系设定
1、合理划分股东会、董事会的职权。股东会和董事会职权的合理划分，可以有效避免由于董事会权力过大，股东会被董事会架空或者股东会大权独揽，董事会不能有效行使职权的局面出现。原公司法对于股东会和董事会职权的规定属于强制性规定，职权划分比较僵化。新公司法则留有了能动余地，即允许公司章程对股东会、董事会的职权划分做出其他规定。
因此，股东在设计公司章程时，应当根据公司成立目的、所处行业、股权构成、资本规模及经营计划等实际情况，明确股东会和董事会之间的职权划分，力求在决策的效率和质量之间、董事会和股东会权力的保障与制约之间构架平衡。
2、完善监事会的组织方式，强化监事会的监督职权。关于监事会制度的建设，新公司法强化了监事会监督作用，在监事会职权、人员组成、议事方式和表决程序以及监事会履行职权的物质基础保障和法律手段等方面都作了详尽规定，目的就是强化公司监事会的监督职权。我们应正确认识和深刻理解新公司法对于监事会制度立法上的重大变革，正确认识监事会在公司治理中的重要性。在公司章程设计中，要根据新公司法的有关规定，结合公司实际情况，明确监事会的职权范围、议事方式、表决程序和工作保障机制，以实现真正的监督。
3、合理确定经理职权。原公司法将经理职权法定化，在客观上限制了公司对其权力的制约。以往的实践中，许多公司因为公司章程对经理职权的规定过于笼统，导致经理和董事会的权力界线模糊不清，进而影响到公司、董事会和股东之间的关系。对此，新公司法采取了更加理性的处理方式，规定了部分经理职权，同时又明确公司章程可以对经理职权另行规定，即公司经理的职权范围由股东或公司通过公司章程自行规定。
因此，公司股东在设计公司章程时，应当充分理解和运用新公司法在确定经理职权上赋予的权力，根据公司实际情况和需要，合理确定经理职权，划清与董事会职权的界线。
4、合理制定公司法定代表人的确定和变更机制。原公司法规定：“公司董事长为公司法定代表人”，公司章程不得随意改变。实践中，这种法定代表人人选法定化的做法给公司的实际运营带来很多不便，尤其是在经营规模较大，投资领域较宽的公司更容易出现责、权、利不对称的局面。新公司法规定：“公司章程可在法定的范围内，从董事长、执行董事或经理中选定一人为公司法定代表人，且对法定代表人变更也由公司章程自行规定，这就给公司股东结合公司具体情况确定公司法定代表人人选留了较大的选择余地。
公司股东在设计公司章程时，可以充分利用这一点灵活地确定法定代表人人选，同时注重完善有关法定代表人变更的规定，如变更情形、变更决议程序、变更人选范围等，以确保公司法定代表人的职责到位。
(二)设权与授权规范
股东会职权
董事会职权
监事会职权
(三)限权规范
建立转投资、对外担保、关联交易等重大事项的决议制度。原公司法对转投资、对外担保、关联交易等事关公司和股东实质利益的重大事项的决议制度未进行明确，许多公司章程中也没有进行详细规定，这就导致因上述事项所引发的公司、股东、债权人、其他第三方等利益主体之间的纷争时而出现，给公司带来了极大的风险。新公司法对公司转投资的限制给予了放宽，关于对外担保、关联交易也做出了比较明确的规定。但是，这类事项的规定只是任意性而非强制性规定。新公司法把这类事项的规定权交由公司章程来自行规定。因此，股东或公司在设计公司章程时，应当综合考虑各方面因素，对这类事项的决议制度进行严谨的设计，最大限度地防控法律风险，保障公司和股东合法权益。转投资方面，公司章程应当对转投资对象的范围、转投资额的限制标准、转投资决策机构和决议程序、违反章程投资的后果等问题做出明确规定。对外担保方面，对外担保的决策机构、决议程序、担保对象范围、担保条件、总额或单笔数额限制等问题，在公司的章程中也应予以明确。另外，鉴于公司的经营范围、所处地域、行业、经营管理方式等方面的差异性，事关公司和股东利益的重大事项也会有所不同。因此，股东在章程设计中，应当根据各自公司不同情况，对涉及本公司重大事项做出相应规定。
(四)公司僵局防范条款
(五)公司反并购条款(如下案例)
4月25日，G美的董事、监事会审议通过了《关于修订<公司章程>的议案》。G美的新的《公司章程》第八十二条规定，连续180日以上单独或者合并持有公司有表决权股份总数的5%以上的股东可以提名董事、监事候选人，每一提案可提名不超过全体董事1/4、全体监事1/3的候选人名额，且不得多于拟选人数;第九十六条则规定，董事局每年更换和改选的董事人数最多为董事局总人数的1/3.美的设置这样一个分级分期董事制度，是想给潜在的收购方制造障碍，提高进入门槛。收购方即使获得了美的的控股权，也很难往董事会派驻在数量上足以控制公司重要决策权的董事。G美的此处章程的修订意在反收购。
此外，G美的还在新修订的《公司章程》中加入了一条反收购策略性规定：“金色降落伞计划”。新《公司章程》第九十六条明确指出，“公司应和董事签订聘任合同，明确公司和董事之间的权利义务、董事的任期、董事违反法律法规和公司章程的责任以及公司因提前解除合同的补偿等内容”。此举的目的也非常明显，给收购方传递出一个信号：如果谁在打收购G美的的主意，在实施收购的过程中，必将付出惨痛代价。
在修改上述章程规定以反收购的同时，何享健通过控股的美的集团，在二级市场数次增持G美的的流通股。5月20日的公告显示，G美的大股东的增持计划已全部实施完毕。过去两个月，美的集团共动用了约10.8亿元来增持G美的23.58%的股权。截至5月19日，何享健已直接或间接持有G美50.17%的股权，从相对控股变成绝对控股。
(六)股东退出条款
原公司法在股权退出问题上，偏重强调资本不变和对债权人利益的保护，对有限公司股权转让进行了严格限制，公司回购股权更是在禁止之列。新公司法在股权转让和公司回购制度上有很大创新，允许股东在公司章程里调整适用或另行规定。因此，公司章程在对股权退出制度的安排上，应当本着既要维护公司利益最大化，又要兼顾股东合理意愿，平衡股东利益关系的原则，设计出严谨并且操作性强的退出机制。例如，关于股权转让，应当明确规定转让的情形或条件、限制转让的情形、转让价格计算遵循的原则(标准)、通过有关决议的程序、优先受让权的约定(包括受让对象、价格、比例、行权期限等)以及控股股东强制受让的特别规定等等。
(七)程序条款
最后还包括具体运作程序条款的设计，如：会议通知程序(时间、方式);股东会议事规则;董事会议事规则;监事会议事规则关于股东会、董事会议事制度，新公司法对一些重大议事规则如临时股东会召集情形、股东会召集权、董事会召集及董事的表决权等做出原则性规定，而于具体议事制度安排，则由公司章程自行规定。因此，在公司章程中制订细致、完善、操作性强且符合公司实际的议事制度是非常必要的，例如：会议方式、会议时间、地点、通知期限和通知方式、会议议题确定程序和议程安排、应提供的会议资料以及提供方式和期限、表决权的行使、表决方式以及表决有效机制的确定等。总之，合理划分股东会、董事会职权，建立完善的两会议事制度，将完善公司治理需要。
综上所述，从契约论的角度出发，公司章程可以解释为公司内部关于公司权利义务配置的“关系合同”，因此公司自治实质是“章程自治”。鉴于国内公司章程的现状，有必要进一步提高“章程意识”，通过公司章程的个性化设计，增强章程的实用性和有效性，进而拓展公司的自治空间。
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