股东协议，又可称之为发起人协议，是指公司发起股东明确各自在公司设立过程中的权利义务而订立的协议。公司章程则是公司发起股东制订的，对公司、股东、董事、监事、高级管理人员具有约束力的，调整公司内部组织关系和经营行为的自治规则。
公司章程与股东协议的相同之处在于：
（1）产生阶段相同。公司章程与股东协议一般均产生于公司的设立阶段。
（2）制订主体相同。公司章程与股东协议都是由发起股东制订的，都对发起股东具有约束力。
（3）制订目标相同。公司章程与股东协议之间存在着紧密的联系，制订目标一致，都是为了公司的有效成立。
公司章程与股东协议的不同之处在于：
（1）性质不同。股东协议属于任意性文件，并非设立公司的必备文件（股份有限公司、中外合资经营企业、中外合作经营企业除外）；而公司章程是公司设立的必备文件，《公司法》第23条关于有限责任公司的设立，《公司法》第76条关于股份有限公司的设立，《中外合资经营企业法》关于中外合资经营企业的设立，《中外合作经营企业法》关于中外合作经营企业的设立，均以公司章程为必备文件。
（2）内容不同。股东协议的内容是发起股东在公司设立过程中的各自的权利义务，属于发起股东之间的任意性约定；而公司章程一方面是体现了发起股东的主观意志，另一方面还体现了法律对公司内外关系的强制性要求，如果公司章程缺少了法定记载事项，将导致无效。
（3）效力不同。股东协议的效力及于参与协议签订的各方发起股东；而公司章程的效力及于“公司、股东、董事、监事、高级管理人员”（《公司法》第11条）。
