新《公司法》尊重公司与股东的自治权利，合理界定了政府管制和企业自治的权力边界， 大幅减少了行政权和国家意志对公司生活的不必要干预，加大了民事法律规范、任意性规范的比重，扩张公司的意思自治空间，允许公司章程和股东协议在不违反强行性规范、诚实信用原则和公序良俗原则的前提下，根据公司自身的需要和特点做出选择和规定。其中，新《公司法》在若干方面明确提示了公司拥有的选择权。
公司章程可以确定公司的法定代表人由董事长、执行董事或由总经理来担任，改变了过去法定代表人只能由董事长担任的规定。这无疑解除了某些公司的困扰，在总经理更适宜担任公司法定代表人时就可以在公司章程中加以明确，且为某些跃跃欲试实行CEO制度的公司打开了大门。
有限责任公司股东可以在公司章程里约定红利分配比例和公司新增资本时股东优先认缴出资的比例。理性投资者的目的都是为了实现投资收益的最大化，获得与其投资额度相符合乃至更高比例的红利回报无疑是每个投资者都乐于接受的，新《公司法》赋予了公司股东通过公司章程约定红利分配比例的权利，从而使得有限责任公司股东可以根据股东之间的约定、而不是一味按照出资比例，确定股东之间的分配原则。此外，对愿意通过继续认缴出资持有有限责任公司更多股权的股东，也可以在公司章程中规定其优先认缴出资的比例。这无疑保护了不同类型投资者作为公司股东的不同需求。
公司可以在章程中选择适合其实际情况的组织机构并决定其规模和组成。公司可以根据自身经营与业务的需要，在新《公司法》允许的范围内在公司章程中选择董事会和监事会的组成和规模。其中，有限责任公司董事会成员为3～13人；股份有限公司董事会成员为5～19人,设立监事会公司的监事会成员不少于3人。此外，对于股东人数较少或者规模较小的有限责任公司，可以选择不设监事会，而仅设1～2名监事。对于股份有限公司，新《公司法》中对股东大会选举董事、监事时的表决方式提供了两种选择，即公司可以在公司章程中规定或者以股东大会决议形式决定，实行累积投票制或每一股份一票表决权的普通表决方式。
在“营业期限届满或者公司章程规定的其他解散事由出现”的情况下，公司股东(大)会可以通过修改公司章程，选择让公司继续存续。公司设立时若约定了存续年限，在规定的时限到达时，则公司应予以解散。但在公司经营状况良好、继续存续更有利于实现公司股东的利益时，为了避免公司遭到解散，公司的股东(大)会可以2/3以上表决权同意修改公司章程，使得公司继续存续。公司章程规定的其他解散事由出现时公司股东希望选择公司继续存续，也可以通过修改公司章程达到目的。
