公司设立无效主要是因设立行为违反法律规定引起的。具体地说，公司设立无效的原因，可分为以下两个方面：
1、设立公司的发起人违反主体资格的要求。主要有：
(1)公司发起人或股东中有无行为能力人或限制行为能力人，这些人所实施的设立公司的行为无效。
(2)发起人或股东所实施的设立公司的行为， 并非是其真实的意思表示，而相对人已知或可知其真意的。
2、违反法定条件和法定程序。设立行为本身的缺陷可使公司设立无效。主要表现为公司设立违反公司法规定的条件和程序。
一方面公司登记机关通过监督检查发现公司设立违法的,可以主动对公司设立的有效性直接予以确认。公司登记机关的上级登记机关,认为公司设立违法的,也可以责令原公司登记机关予以确认,或者依法直接予以确认。另一方面,与公司有利害关系的第三人认为该公司存在设立无效的违法行为,且侵犯了自己的合法权益,可以申请公司登记机关确认其有效性。公司登记机关通过调查核实,认为股东和公司在公司设立中存在重大违法行为且情节严重的,应撤销公司登记,宣告公司设立无效,同时收缴营业执照,取消其法人资格和经营资格。公司登记机关在撤销公司登记的同时,可以并处罚款,对构成犯罪的应移交司法机关追究刑事责任。
对公司设立存在一般瑕疵的问题,应由公司登记机关或其上级机关责令公司改正,限期达到要求。对其中具备公司条件且补齐了登记所必须的有关文件、证件的,重新登记注册,其法人资格仍然有效。对其中不具备公司条件的,应依法撤销公司登记,取消其法人资格和经营资格。在提起确认公司设立无效或者行政管理机关决定撤消公司之前都由公司内部进行一些准备,如果仍然希望继续开办的则完善公司出资、章程、发起人法定人数等一系列要素使其符合相关规定;如果不希望开办就做出退股、破产准备等行为。
例如,在德国,原告只能首先要求公司清除章程中的缺陷,而公司在3个月内未能满足此要求时才能提起诉讼。在法国,受理无效之诉的商事法庭可以依职权确定一个期限对无效的原因进行纠正,并且不得在诉状送达之日起2 个月内宣布公司设立无效。在日本,法律对设立无效之诉的情形未严加限制,故救济条款比较宽容:公司设立无效的原因对于某一股东存在时,可依股东会的一致决定继续该公司。在此场合,作为无效原因的股东视为退股。
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