2005年《公司法》修订之前，关于外商投资企业的自行清算程序及具体流程，基本上依照《外商投资企业清算办法》进行。《公司法》修订后，为了配合内外资企业对公司法的统一适用，国务院于2008年1月15日公布的第516号令《关于废止部分行政法规的决定》，宣布《外商投资企业清算办法》因已被2005年10月27日公布的《中华人民共和国公司法》代替而废止。自此，外商投资企业的清算也基本上依照2005年修订后的《公司法》第十章“公司解散和清算”进行。
不过，因为在法律层面上，与《公司法》同一位阶的三部外商投资企业现行法律仍然有效，法律冲突在所难免。外商投资企业的自行清算，一方面要适用《公司法》，另一方面又要适用外商投资企业三部法律，必然产生一些特殊问题，本文将对外商投资企业自行清算中的这些特殊问题进行深入分析。
1、关于国家原对外经贸部颁布的《外商投资企业清算办法》(以下简称《清算办法》)是否仍然适用的问题。
公司法第218条规定：“外商投资的有限责任公司和股份有限公司适用本法;有关外商投资的法律另有规定的，适用其规定。”虽然《清算办法》不是法律性质，且存在诸多问题，但由于其针对性较强，并在外商投资企业清算过程中一直发挥着重要作用，同时由于公司法中有关清算的规定并没有考虑到外商投资管理中的特殊要求，因此，该办法的一些重要内容将仍然在一段时间内并在一定范围内适用。
2、关于法院组织清算是否为《清算办法》中普通清算和特别清算的补充的问题。
现实中，大量外资企业由于各种各样的原因，根本无法按照办法中的普通清算或特别清算程序进行清算，但同时由没有其他可以替代的途径。因此，诸多外资公司根本就无法或没有清算。由于公司法赋予公司债权人有权请求人民法院组织清算的权利，为此，外资企业股东至少可以借公司债权人名义(在很多情况下，公司股东事实上也是公司债权人)在公司不能采取普通清算或特别清算程序的情况下，依据公司法的规定请求人民法院组织清算。应当说，人民法院组织对外资企业进行清算不仅是外资企业清算形式的补充，而且将成为外资企业退出机制的重要组成部分。
3、关于特别清算是否为申请人民法院组织清算的前置程序的问题。
根据《清算办法》的规定，公司在不能按照普通程序清算的情况下，应按照特别清算程序进行清算。但是由于外资主管部门过于谨慎及行政程序不清或公司股东意见不一等诸多原因，外资企业按特别清算程序进行清算的少之又少，特别清算可以说是已经成为一种堂皇的摆设。为此，为解决现实中存在的程序上的不合理问题，尽早化解股东之间及其与债权人之间的矛盾，在法院有权组织清算的前提下，申请特别清算不应当成为申请人民法院组织清算的前置程序。至少，在申请特别清算和申请人民法院组织清算之间，应当给予当事人选择的权利。
4、关于清算委员会的组成等问题。
公司法与《清算办法》在清算委员会的组成等许多方面也有冲突的地方，为此，是适用《清算办法》还是公司法的相关规定，从及早化解矛盾、减少社会成本的角度出发，也应当赋予公司或公司股东相应的选择权。
5、清算方案和清算报告按怎样的规则进行确认?
根据《公司法》第186和188条规定，自行清算的清算方案和清算报告报股东会、股东大会确认，但是股东会和股东大会应按怎样的规则确认，是过半同意，过三分之二同意，还是一致同意?对此，公司法第十章“公司结算和清算”并没有明确规定。
我们认为，外商投资企业的最高权力机构股东会、股东大会或董事会对清算方案和清算报告进行确认应该以《公司法》、三部外商投资企业法和公司章程为依据。
《公司法》第43条规定，“股东会会议作出修改公司章程、增加或者减少注册资本的决议，以及公司合并、分立、解散或者变更公司形式的决议，必须经代表三分之二以上表决权的股东通过。”第103条规定，“股东大会作出决议，必须经出席会议的股东所持表决权过半数通过。但是，股东大会作出修改公司章程、增加或者减少注册资本的决议，以及公司合并、分立、解散或者变更公司形式的决议，必须经出席会议的股东所持表决权的三分之二以上通过。”
对清算方案和清算报告的确认不属于公司法第43条和第103条所规定的“三分之二以上表决权通过”，如果公司章程没有特别规定，那么，对于有限责任公司只需全体股东所持表决权过半数通过即可;对于股份有限公司则只需出席股东大会的股东所持表决权过半数通过即可。
