合伙企业的清算程序，指合伙企业清算条件成就时，合伙企业进行清算的途径、手段、方法。
合伙企业的清算程序，可以分为二种清算程序，即普通清算程序和特别清算程序。合伙人或合伙人同意的第三人对合伙企业组织清算的，为普通清算，又称为一般清算;合伙人不组织清算或无法组织清算时，由法定机构指定清算的，为特别清算，又称强制清算。
清算程序的发生，自下列情形发生之日起开始：
1、全体合伙人组织清算;
2、全体合伙人过半数同意的合伙人组织清算;
3、全体合伙人过半数同意的第三人组织清算;
4、合伙人或利害关系人申请法院指定清算人组织清算。
但我国《合伙企业法》对下列相关问题并无规定，使实际操作难以统一和规范：
1、合伙企业解散的时日如何确定从法律规定来看，合伙企业自约定情形和法定情形发生之日起应当解散，当合伙人决议解散或合伙企业被依法吊销时，合伙企业自决议和吊销处罚决定生效之日起解散。当合伙企业处于一种自动歇业状态时，合伙企业的解散之日就难以确定;现实生活中，只是延续这种事实状态，以期行政机构作出相应的行政处罚决定(如未年审或未通过年审而被依法吊销执照)来确定解散之日。笔者认为立法应当规定自动歇业的期限来确定是否应予清算。
2、清算开始的时日和期限如何确定合伙人应当自合伙企业解散之日起十五日内组织清算或确定清算人进行清算;逾期未确定清算责任人的，合伙人和其他利害关系人有权申请人民法院指定清算人进行清算，人民法院指定之日，为清算开始之日。但法律对合伙人未在十五日内确定清算人，合伙人和利害关系人申请人民法院指定清算的时效没有作出规定。笔者以为，合伙人和利害关系人的合法民事权益受到损害时有权主张自己的权利，但法律应当规定当事人申请人民法院指定清算的期限，应当规定当事人未在法定期限内行使申请权的，其申请法院指定清算的权利消灭，以促使合伙人和利害关系人及时主张权利，稳定社会经济秩序。立法应当参照我国法律对一般民事权利保护的诉讼时效规定来确定当事人申请指定清算的期限，即当事人应当在自知道或者应当知道合伙企业解散之日起二年内行使申请人民法院指定清算人进行清算的权利，合伙人和合伙利害关系人自合伙企业解散之日起五年内未行使该项权利的，该项权利消灭。
尽管在《外商投资企业清算办法》、《民事诉讼法》及《企业破产法》的清算、破产还债程序中有清算期限的相关规定，但这不适用于合伙企业的清算。笔者以为，从法制的统一性来讲，合伙企业清算的期限不应超过180日，确因特殊情形而致清算工作无法顺利结束的，应当在清算期限届满前征得债权人和利害关系人的同意，若系人民法院指定清算的，还应当由人民法院来决定是否延长及延长的期限，延长的期限一般不宜超过90日。
3、如何向人民法院申请合伙企业法仅仅规定了当事人可以向人民法院申请指定的权利，从中国的程序大法《民事诉讼法》中的特别程序规定一章来看，也无此项内容的具体规定。因此，如何向人民法院申请就成了合伙企业立法的
一大缺陷。
由于《民事诉讼法》规定了个人合伙企业不能适用有关破产还债程序的规定，致使合伙企业的清算只能适用《合伙企业法》的原则规定。从诉讼理论上来讲，合伙人和利害关系人申请人民法院指定清算，应当有《民事诉讼法》来规定;从民事诉讼法编排体系上看，应当将其归纳为民事诉讼法中的特别程序一章加以规范。笔者以为，在民事诉讼法对此无任何规定时，应当在《合伙企业法》中得到充分体现。因此立法应当明确：
①当事人应当向合伙企业所在地的基层人民法院申请指定;
②当事人应当提出书面申请，并应当写明合伙企业的名称、合伙人的基本情况、申请人对合伙企业享有合法债权或合法利益的事实和材料、合伙企业解散或终止的事实和依据、申请人申请指定清算人的法定理由等;[page]
③申请人应当在知道或者应当知道合伙企业解散之日起二年内及时提出申请。
4、人民法院如何进行指定人民法院审理指定清算人案件，应当采用特别程序，笔者以为：
①人民法院应当实行一审终审;
②人民法院应当通知合伙企业的利害关系人到庭参加诉讼;
③人民法院一般应在立案之日起三十日内审结;
④人民法院应当用判决的形式指定;
⑤人民法院应当在合伙人、利害关系人、有完全民事权利能力和民事行为能力并具有相应清算条件的第三人或法律规定的具有相应资质的中介机构中指定清算人;⑥人民法院应当允许利害关系人有申诉的权利;
⑦人民法院应当遵循我国《民事诉讼法》规定的一般原则。
5、指定清算人的责任和义务指定清算人的责任和义务，实际是指他在合伙企业清算过程中的法律地位。在合伙企业清算过程中，指定清算人代表合伙人或合伙组织清理债权债务，代表合伙企业参与民事诉讼或仲裁活动，有权依法分配合伙企业的剩余财产并办理合伙企业的注销登记等。
法律对指定清算人的权利义务规定较少，难以操作。实践中，可能会产生下列问题，并涉及到对指定清算人的义务规定及权利制约，而法律对此却无规定。
①指定清算人拒绝承担清算责任从法理上讲，指定清算人一经指定，对合伙企业的清算责任即变成了其应尽的义务，其应当履行人民法院生效法律文书所确定的义务。但笔者认为，人民法院指定除合伙人、利害关系人、债权人之外的其他第三人为清算人的，指定清算人有权拒绝指定。因为法院无权超越立法而为无法律规定义务的人设定责任;相反，法律应当规定人民法院指定错误或申请人申请错误而给第三人造成损失的，第三人有申诉权和获得赔偿的权利。
指定清算人拒绝履行义务能否强制执行，笔者以外，若指定清算人系合伙人、合伙人的继承人或债权人，其拒不履行清算义务的，申请人可以申请人民法院强制执行，人民法院可委托他人对合伙企业进行清算，由此增加的费用应由承担义务的指定清算人承担。若指定清算人系合伙人、合伙人的继承人或债权人以外的第三人，法院则无法强制执行，即使可以强制执行也无实际意义，只能另行委托。若指定清算人系申请人，申请人拒绝履行人民法院指定义务的，则应视为申请人放弃权利。
