清算组织正式成立后，公司进入实质性清算程序。具体流程包括：
(一)清理公司财产，分别编制资产负债表和财产清单。清算组织要全面清理公司的全部财产，不仅包括固定资产，还要流动资产;不仅包括有形资产，还包括无形资产;不仅包括债权，还包括债务。在清理后，清算组需要编制资产负债表和财产清单，作为下一步工作的基础。
(二)通知、公告债权人并进行债权登记。清算组应当自成立之日起十日内通知债权人，并于六十日内在报纸上公告。债权人应当自接到通知书之日起三十日内，未接到通知书的自公告之日起四十五日内，向清算组申报其债权。债权人申报债权，应当说明债权的有关事项，并提供证明材料。清算组应当对债权进行登记。在申报债权期间，清算组不得对债权人进行清偿。为了防止清算组对个别债权人进行优先清偿，新法增加规定了在债权申报期间，清算组不得对债权人进行清偿的法定义务。
(三)提出财产估价和清算方案。清算组在清理公司财产、编制资产负债表和财产清单后，应当制定清算方案，提出收取债权和清偿债务的具体安排，并报股东会、股东大会或者人民法院确认。
(四)分配财产。清算的核心任务是分配财产。根据公司法第一百八十七条的规定，财产的分配顺序依次为：(1)支付清算费用;(2)支付职工的工资、社会保险费用和法定补偿金;(3)缴纳所欠税款;(4)清偿公司债务;(5)上述四项款项清偿完毕之后的公司剩余财产，有限责任公司按照股东的出资比例分配，股份有限公司按照股东持有的股份比例分配。取得公司剩余财产的分配权，是公司股东自益权的一项重要内容，是公司股东的基本权利。在分配方式上可采取货币分配、实物分配或者作价分配等形式，其基本要求是：既要最大限度保护股东的权益，又要体现平等和公平分配的原则。清算期间，公司存续，但不得开展与清算无关的经营活动。公司财产在未按照上述规定清偿前，不得分配给股东。
根据公司法第二百零五条的规定，公司在进行清算时，隐匿财产，对资产负债表或者财产清单作虚假记载或者在未清偿债务前分配公司财产的，由公司登记机关责令改正，对公司处以隐匿财产或者未清偿债务前分配公司财产金额百分之五以上百分之十以下的罚款;对直接负责的主管人员和其他直接责任人员处以一万元以上十万元以下的罚款。
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