(一)关于应付未付款项是否并入所得征税问题
企业清算前已确定不需支付的应付款项，应并入生产经营所得征税。企业清算期间确定的不需支付的应付款项，需并入清算所得征税。企业清算期间应支付但由于清算资产不足以偿还的未付款项，无需并入清算所得征税。盈余公积和资本公积属于股东权益，不计入清算所得。
(二)清算期间资产盘盈、盘亏的税务处理
清算期间资产盘盈、盘亏应当计入清算所得。清算期间不能收回的应收款项应作为坏账损失处理。根据《国家税务总局关于印发<企业资产损失税前扣除管理办法>的通知》规定，资产损失必须报经主管税务机关审批，未经审批的资产损失不得在计算清算所得时扣除。
(三)对递延所得、商誉、递延所得税资产、预提和待摊费用的处理
应当分期确认所得的项目(如符合条件的企业债务重组确认的应纳税所得额占该企业当年应纳税所得额50%以上等业务)，剩余未确认所得的金额，必须一次性并入清算所得；对于生产经营期间预提的各项费用(不含递延所得税负债)不再支付的，必须并入清算所得；其他待摊费用(如按三年平均扣除的企业筹办费、房屋装修费等)按照剩余计税基础扣除；非同一控制下的企业合并形成的商誉，在生产经营期间不得摊销扣除，在计算清算所得时一次性扣除。递延所得税资产与应纳税所得额无关，其计税基础为零。
(四)清算所得税的计算公式
应纳所得税额=清算所得×25%
清算所得=资产(含盘盈资产)变现收入-清算费用(包括相关税费)-资产计税基础净值±纳税调整额-弥补以前年度亏损
其中，资产变现收入是指处置资产不含增值税的收入。资产过户给股东的，按照公允价值作为变现收入处理。纳税调整事项包括递延所得、因债权人的缘故无需或无法支付的款项等。
(五)清算所得的适用税率
清算期间不属于正常的生产经营期间，不能享受法定减免税优惠(包括定期减免优惠、小型微利企业优惠税率、高新技术企业优惠税率、“5+1”地区过渡税率等)，一律适用基本税率25%。
(六)清算所得能否弥补以前年度亏损
《企业所得税法》第五十三条规定，企业依法清算时，应当以清算期间作为一个纳税年度。《企业所得税法》第十八条规定，企业每一纳税年度发生的亏损，准予向以后年度结转，用以后年度的所得弥补，但结转年限最长不得超过五年。
根据上述规定，由于清算期间也是一个独立的纳税年度，因此以前年度的亏损可以用以后纳税年度(包括清算期间)的所得弥补。
也可以这样理解，企业的清算所得可以看作是企业资产潜在的、尚未征收过企业所得税的增值部分。如果企业在关闭清算前，将全部资产出售，或者将无需支付的负债确认为所得，那么在总应纳税所得不变的前提下，清算所得就会转变为经营所得。因此，清算所得与经营所得应当都可以用于弥补以前年度亏损。
