企业实施股份合作制改造具有营利性和互助性相结合，资本联合和劳动联合的特点，因此，股份合作制成为集体企业和城市国有小型企业改革的重要形式。企业股份合作制改造包括职工买断式股份合作制改造、企业与职工共建式股份合作制改造和增资扩股式股份合作制改造。一般而言，企业股份合作制改造一般遵循如下程序：
一、拟定改制方案。
企业进行股份合作制改造，应当拟定初步改制的方案。改制方案应当对改制采取的形式进行初步的预定。企业应当根据企业的实际情况，拟定采取职工买断式股份合作制改造、企业与职工共建式股份合作制改造，或者是增资扩股式股份合作制改造。
二、取得职工代表大会同意。
企业实施股份合作制改造，应当取得职工代表大会的同意。对于国有小型企业的股份合作制改造，没有取得职工代表大会同意进行股份合作制改造的，应当根据案件的具体情况，对改制行为的效力进行综合判定(买断式企业股份合作制改造不存在此情形)。对于集体企业的股份合作制改造，必须取得职工代表大会的同意，否则改制行为无效。
三、取得出资人和上级主管部门的同意。
对于国有小型企业和须经审批程序的集体企业的股份合作制改造，要取得出资人的同意，未经出资人和上级主管部门同意的，企业不得进行股份合作制改造。对于直接设立股份合作制企业的，则没有上述要求。
四、政府指定部门审批。
企业股份合作制改造必须经过政府指定部门审批，未经指定部门审批的，不得进行改制。对于直接设立股份合作制企业的，则没有上述要求。
五、清产核资和财务审计。
企业清产核资按照国家有关的规定进行，同时应当有职工出资人和职工代表参加。
一般而言，集体企业应当按照有关规定实施清产核资工作，国有其清产核资工作应当按照《关于规范国有企业改制工作的意见》进行。清产核资工作要求改制企业必须对企业的各类资产、负债进行全面清查，做到账、卡、物、现今等齐全、准确、一致。要按照“谁投资、谁所有、谁受益”的原则，核实和界定产权。对于集体企业的清产核资，要防止属于国有资产部分财产的流失;对于国有企业，还要实施财务审计工作，企业经股份合作制改造成为非国有企业的，必须按照国家有关规定对企业的法定代表人进行离任审计。
六、产权界定和资产评估。
企业采取股份合作制改造形式进行改制的，必须按照《国有资产评估管理办法》和《关于发展城市股份合作制企业的指导意见》的规定，实施产权界定和资产评估，以防止国有资产流失。[page]
产权界定。按照谁投资谁享有产权的原则，搞好原有企业产权的界定工作。国家、法人单位等出资人在企业中的投资及投资收益所形成的所有者权益归出资人所有。企业原有奖金节余、工资储备基金，可以折成个人股投入企业，也可以用于企业改制前的个人补充养老保险及医疗保险。
非经营性资产的剥离。原有企业非经营性资产可以进行剥离，独立运作或者委托改制后的企业代管，减轻企业的负担。经政府批准，可以采取多种途径，解决企业改制前离退休人员养老统筹和医疗费用不足等问题。在非经营性资产进行剥离的过程中，不得抽逃资产。
资产评估。资产评估的范围包括固定资产、流动资产、无形资产和其他资产。对于国有企业改制或者企业财产中涉及国有资产的集体企业改制，改制企业应当向国有资产管理行政主管部门申请评估立项，由国有资产管理行政主管部门进行审核。如果国有资产行政主管部门准予评估立项的，申请单位应当委托资产评估机构进行评估。按照现行法规及其政策的规定，持有国务院或者省、自治区、直辖市人民政府国有资产评估资格证书的资产评估公司、会计师事务所、审计事务所、财务咨询公司，以及经国务院或者省、自治区、直辖市人民政府国有资产管理行政主管部门认可临时评估机构，可以从事国有资产的评估工作，被兼并企业应当委托上述单位进行资产评估，对于委托不属于上述机构进行资产评估的，不予认可。对改制成为非国有企业的，由直接持有该国有产权的单位决定聘请具备资格的资产评估事务所对资产进行评估。集体企业还可以委托具有上述资格的权威性评估机构进行资产评估。资产评估机构接受委托进行资产的评定和估算后，要向委托单位提出资产评估结果报告书。对于属于国有企业的委托单位，委托单位将资产评估报告书报其主管部门审查，主管部门审查同意后，报同级国有资产管理行政主管部门确认资产评估结果。经过确认的资产评估结果，国有资产管理行政主管部门应当下达确认通知书。没有进行资产评估而签订出售协议的，应当认定协议无效。对于属于集体企业的委托单位，资产评估结果也要经过出资人认可和有关部门的确认。
七、投资入股和有偿转让。
企业改制时，在资产评估的基础上，应当将企业资产扣除原企业债务后折合成等额股份。对于买断式企业股份制改造的，应当由职工按照股份数额投资入股，职工即成为出资人;对于企业与职工共建式股份合作制改造的，在职工投资入股的基础上保留部分原产权关系;对于增资扩股式企业股份合作制改造的，企业原有财产既可以部分保留产权，其余部分形成职工股，也可以由原企业所有者保留产权，但是增资部分须向职工募集。无论何种形式的企业股份合作制改造，必须保持职工持股份额在总股本中的大多数，同时不得吸收企业以外的职工入股。[page]
在改制过程中，职工不能退股，但是亦不得使用强制手段要求职工投资入股，强迫职工投资入股的行为应当认定为无效。由于该无效行为不影响企业整体改制的效力，因此，以强制手段迫使职工入股的，相应股份可以由其他职工购买。
在改制过程中，应确定职工的出资方式。股东一般应以货币出资，也可以用实物、工业产权等出资，但是劳务和欠资股不能作为出资的标的。对于以实物、工业产权出资的，应当委托国家认可的资产评估机构对该出资予以评估。
为了防止国有资产的不当流失，属于国家和集体所有的净资产，在改制时应当按照市场原则有偿转让，不能将国有、集体的净资产无偿分给个人。转让企业国有资产、集体资产的收入，实行专项管理，用于国有经济和集体经济的投入，可以留在改制后的企业有偿使用，也可以作为资本金投入其他企业。在改制时必须防止将国有或者集体所有的财产无偿分给个人，但是这并不影响以“零”值转让产权给职工进行负债经营。国家、法人保留或者部分保留在原企业的产权的，应当以其净资产折为国家股和法人股。
转让国有资产产权进行股份合作制改造的企业，还要根据《国有资产评估办法》的规定进行资产评估外，还要依法确定产权底价，并按照规定履行报批手续。具体可以参见国有小型企业出售和企业兼并有关报批手续的程序和有关价款转让管理的有关规定。
八、履行债权人保护程序并办理登记。
为了保护债权金融机构的利益，《关于规范国有企业改制工作的意见》的规定，在改制过程中，必须要征得债权金融机构的同意，保全金融债权，依法落实金融债务，国有企业才能改制。金融债务未落实的企业，不得进行改制。
此外，企业在改制过程中，应当参照公司法的有关规定履行债权人保护程序。并按照最高人民法院《关于审理与企业改制相关的民事纠纷案件若干问题的规定》第11条的规定确定当事人之间的权利义务关系。
企业改造成为股份合作制企业的，应当向国有资产管理部门办理产权变动登记和产权注销登记。并应当到工商行政管理部门办理变更登记。对于改制实质完毕但没有办理变更登记的，如果因此导致诉讼的，改制企业应当按照合同法解释的有关规定补办变更登记手续。未予补办的，改制企业应当向债权人承担民事责任。
如果在改制过程中导致土地用途和权属发生变更的，应当依照土地管理法的规定办理土地变更登记手续。
九、债权债务的承担。
股份合作制企业是独立法人，应当以其全部资产承担民事责任，出资人也仅以其出资额为限对企业的债务承担责任。在企业改为股份合作制企业之后，股份合作制企业亦应当对改制前原企业的债务进行承继，并承担民事责任。具体而言：[page]
1、对于实施买断式企业股份制改造的，即由企业职工买断企业产权，将原企业改造为股份合作制的，原企业的债务，由改造后的股份合作制企业承担。
2、对于实施企业与职工共建式股份合作制改造的，即企业向其职工转让部分产权，由企业与职工共同组建股份合作制的，原企业的债务由改造后的股份合作制企业承担。
3、对于增资扩股式企业股份合作制改造的，即企业通过其职工投资增资扩股，将原企业改造为股份合作制企业的，原企业的债务由改造后的股份合作制企业承担。
