一般来说，股东代表诉讼与股东直接诉讼的区别主要表现在：
１、产生原因不同。
股东的权利虽然多种多样，但总的来说，股东的权利可以分成两大类：股东的个人性权利和股东的共同性权利。股东个人性权利是指法律或公司章程明确规定股东可以单独要求并实现的权利，诸如分配权利、认购股份的权利、要求记录其投票表决的权利等。股东共同性权利则是指股东根据与公司成员之间的契约而享有的、能够对公司事务和事项作出决议的权利。
股东代表诉讼是股东公司性权利因公司本身遭受到侵犯而间接受到损害，只有当公司因法定原因未起诉时，才可以由股东以自己的名义提起诉讼；而股东直接诉讼的起因则是因为股东个人性权利受到侵犯，股东以自己的名义提起诉讼。
２、诉讼目的不同。
在股东代表诉讼中，虽然公司和股东个人都是侵害行为的受害者，但公司是直接受害者，股东个人是间接受害者，股东提起诉权的目的是为了公司的利益，但也间接地维护了自己的利益；而在股东直接诉讼中，股东个人是侵害行为的直接受害者，股东行使诉权的目的是纯粹为了自身的利益，而非整个公司的利益。
３、诉讼被告不同。
股东直接诉讼只适用于公司及其内部人员侵害股东利益的情况，也即诉讼的被告只能是公司、控股股东、公司实际控制人、董事、经理、监事和其他公司高级管理人员。
股东代表诉讼适用的范围则比较广泛，凡是公司依法享有的诉权，只要公司机关不能或者怠于行使，股东均以代表诉讼的形式提起。因此，股东代表诉讼中的被告除了包括前述股东直接诉讼的被告外，还可以是损害公司利益的其他主体。
４、诉讼归属不同。
在股东代表诉讼中，原告股东仅享有形式意义上的诉权，至于实质意义上的诉权则属于公司，即形式意义上的诉权与实质意义上的诉权是互相分离的。因此，即使原告股东在代表诉讼中胜诉，则胜诉的利益应当归于公司，而非原告股东。倘若原告股东败诉，则不仅由原告股东负担该案的诉讼费用，而且该案的判决对于公司产生既判力，不仅其他股东不得就同一理由再次提起代表诉讼，公司的机关亦不得再就同一理由为公司提起直接诉讼；而在股东直接诉讼中，股东所享有的形式意义上的诉权与实质意义上的诉权是合一的，无论股东胜诉抑或败诉，一切利益和不利益均归属于股东，而非其所持股份的公司。
５、诉讼程序不同。
提起股东代表诉讼需履行一定的前置程序—用尽公司内部救济，而提起股东直接诉讼则不需要履行该程序。
根据侵犯人身份的不同与具体情况的不同，提起股东代表诉讼有以下几种程序：
１、公司董事、监事、高级管理人员的行为给公司造成损失时股东代表公司提起诉讼的程序
按照《公司法》的规定，公司董事、监事、高级管理人员执行公司职务时违反法律、行政法规或者公司章程的规定，给公司造成损失的，应当承担赔偿责任。为了确保责任者真正承担相应的赔偿责任，《公司法》对股东代表诉讼作了如下规定：
（１）公司董事、高级管理人员执行公司职务时违反法律、行政法规或者公司章程的规定的，股东通过监事会或者监事提起诉讼。公司董事、高级管理人员执行公司职务时违反法律、行政法规或者公司章程的规定，给公司造成损失的，有限责任公司的股东、股份有限公司连续１８０日以上单独或者合计持有公司１％以上股份的股东，可以书面请求监事会或者不设监事会的有限责任公司的监事向人民法院提起诉讼。１８０日以上连续持股期间，应为股东向人民法院提起诉讼时，已期满的持股时间；规定的合计持有公司１％以上股份，是指两个以上股东持股份额的合计。
（２）监事执行公司职务时违反法律、行政法规或者公司章程的规定的，股东通过董事会或者董事提起诉讼。监事执行公司职务时违反法律、行政法规或者公司章程的规定，给公司造成损失的，有限责任公司的股东、股份有限公司连续１８０日以上单独或者合计持有公司１％以上股份的股东，可以书面请求董事会或者不设董事会的有限责任公司的执行董事向人民法院提起诉讼。
（３）股东直接提起诉讼。监事会、不设监事会的有限责任公司的监事，或者董事会、执行董事，收到有限责任公司的股东、股份有限公司连续１８０日以上单独或者合计持有公司１％以上股份的股东的书面请求后，拒绝提起诉讼，或者自收到请求之日起３０日内未提起诉讼，或者情况紧急、不立即提起诉讼将会使公司利益受到难以弥补的损害的，有限责任公司的股东、股份有限公司连续１８０日以上单独或者合计持有公司１％以上股份的股东，有权为了公司的利益，以自己的名义直接向人民法院提起诉讼。
２、其他人的行为给公司造成损失时股东提起诉讼的程序
公司董事、监事、高级管理人员以外的其他人侵犯公司合法权益，给公司造成损失的，有限责任公司的股东、股份有限公司连续１８０日以上单独或者合计持有公司１％以上股份的股东，可以通过监事会或者监事、董事会或者董事向人民法院提起诉讼，或者直接向人民法院提起诉讼。提起诉讼的具体程序，依照上述股东对公司董事、监事、高级管理人员给公司造成损失的行为提起诉讼的程序进行。
股东直接诉讼权提起的根据是股东作为股份所有人即出资人的地位。它不同于投资者证券民事赔偿诉讼，例如证券市场特有的因虚假陈述而引发的民事索赔诉讼，其起诉主体可能是该做假公司的股东，也可能曾经是股东但起诉时并不具有股东身份。
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