新《企业所得税法》施行以来，在企业重组所得税领域先后出台了两个重要的规范性文件：财税[2009]59号文与2010年国家税务总局对59号文进一步细化的《企业重组业务企业所得税管理办法》（国家税务总局公告2010年第4号）。这两个文件是《企业所得税法》及其实施条例的重大配套文件，是股权收购纳税处理的基本依据。股权收购的纳税处理区分不同条件分别适用一般性税务处理和特殊性税务处理。
（一）股权收购的一般性税务处理
财税[2009]59号文规定，企业股权收购重组交易的税务处理除符合本通知规定适用特殊性税务处理规定的外，相关交易应采用以下一般性税务处理规定：第一，被收购方应确认股权、资产转让所得或损失；第二，收购方取得股权或资产的计税基础应以公允价值为基础确定；第三，被收购企业的相关所得税事项原则上保持不变。一般性税务处理的股权收购，收购企业和被收购企业股东具体涉及下列所得税问题。
1、收购企业涉及的所得税处理
（1）支付对价涉及的所得税处理。当收购企业支付的对价包括固定资产、无形资产等非货币资产时，虽然财税〔2009〕59号文未明确规定应确认所涉及非货币资产的转让所得或损失，但由于资产的所有权属发生了变化，收购企业应按税法规定确认资产的转让所得或损失。
（2）取得被收购企业股权计税基础的确定。由于收购企业支付的对价无论是股权支付，还是非股权支付均是按公允价值支付的，因此按照所得税的对等理论，依据财税〔2009〕59号文的规定，收购企业应按公允价值确定被收购企业股权的计税基础。
2、被收购企业股东涉及的所得税处理
（1）放弃被收购企业股权涉及的所得税处理。股权收购过程中，被收购企业股东放弃被收购企业股权而取得收购企业支付的股权和非股权，其实质应分解为两项业务，即先转让被收购企业股权，然后再以转让收入购买股权或非股权支付，因此依据财税〔2009〕59号文的规定，被收购企业股东应确认股权转让所得或损失。
（2）取得股权支付和非股权支付计税基础的处理。由于被收购企业股东确认了放弃被收购企业股权的转让所得或损失，因此按照所得税的对等理论，对其取得的股权支付和非股权支付均应按公允价值确定计税基础。
股权是有限责任公司或者股份有限公司的股东对公司享有的人身和财产权益的一种综合性权利，即股权是股东基于其股东资格而享有的，从公司获得经济利益，并参与公司经营管理的权利。股权是股东在初创公司中的投资份额，即股权比例，股权比例的大小，直接影响股东对公司的话语权和控制权。
1、出资不实瑕疵中的法律风险。即非货币财产的实际价额显著低于认缴出资额，法律规定出资不实的股东应补缴出资，多发生于知识产权等非货币出资中。因此，对出让人出资种类的考查，也显得十分必要，尤其是非货币出资，容易发生出资不实的情况。
2、出资不到位（违约）瑕疵股权转让中的法律风险。即股东出资不按时、足额缴纳，该股东除补足出资外，应对其他股东承担违约责任。因此，对出让人缴纳出资实际情况的考察，也是十分必要的。
3、虚假出资瑕疵中的法律风险。即股东根本未出资，采用欺骗手段获得登记机关的信任。在发生虚假出资的情况下，该股东不仅应补足出资，而且还要承担行政处罚的法律责任。
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