第一难 范围界定
既然要清理小产权房，就应该清楚什么是小产权房。国土部门给出的定义是，小产权房是占用集体土地搞建设，并向集体组织以外的成员销售的商品住宅。
曾经开发过小产权房的王先生对记者说：“现在小产权房的情况很复杂，光靠这个概念，还很难划分出什么算小产权房。比如以号称‘全国最大小产权房’通州张湾村太玉园(资料、团购、论坛)为例。太玉园有100栋楼左右，被张采路分为东西两个区：西区以村民自住的回迁房、叠拼、独栋别墅为主;东区是近40栋主要卖给‘外来户’的6层小板楼。如果按照国土部门的‘定义’，我理解东区的房子就应该算小产权房，但据我所知，一些当地村民也有买东区房子的，这些村民买的算不算小产权房?这些村民中，有本村村民，也有外村村民，外村村民买的算不算小产权房?”
“再说西区，西区的部分房子最初是分给村民回迁的，我感觉不应算小产权房，但这几年来，有村民已经把房子以商品房的价格卖给‘外来户’了，这样的房子算小产权房吗?另外，如果年老的村民去世，子女继承，子女是城镇户口，应该怎么算?更重要的一点，西区有的房子是建在宅基地上的，有的是建在耕地上的，按国家规定，房子是不能建在耕地上的，这样的房子算不算小产权房……”王先生说，他举的仅仅是几个简单的例子，事实上，小产权房的具体情况更复杂，如何界定对于政府部门来说比较难，工作量也比较大，这应该是小产权房清理新政难产的一个重要原因。
第二难 法律确责
如果小产权房的概念、范围确定了，那么该如何清理呢?这就需要有一个“清理”的法律依据。对此，曾经专门研究过《土地法》的北京市京华律师事务所知名律师秦兵分析说，对于小产权房算不算“违法”实际上在法律界、政府各部门是有不同观点的。
首先，在法律上，小产权房问题的背景是因为我国的城乡二元体制，根据现行法律，集体土地只有先被征收为国有以后，才能进入二级市场流转，这表明了集体土地和国有土地在土地市场中的不同地位，对于这个地位不同是否合理，大家的认识不同。
秦兵认为，以前农村集体土地上的房屋是不能买卖的，目前国土部正在进行农村集体土地的确权工作，理论上，确权之后就可以上市交易了。那么从某种意义上讲，集体土地和国有土地在土地市场中的地位就平等了，随之而来的，有可能我们的《土地法》及相关规定也要改。
从合理性上，对于小产权房是否违法，法律界、政府有关部门也有不同看法。有人认为大中型城市商品房房价过高是小产权房形成并发展的一个重要原因，城市中低收入工薪阶层在无法承受高房价情形下只好冒险购买小产权房。而有些人认为，购买者明知小产权房不合法，但依然购买，往往是出于一种投机心理，这种投机心理是对政府政策的冒险挑衅。这种“不同看法”让政府对小产权整治方案的出台谨小慎微，变相给了小产权房“野蛮生长”的机会。
第三难 过错处理
大多数小产权房都是这样的开发模式：以“旧村改造”、“村镇建设”、“新农村建设”等名义，由村委会或乡镇政府主导开发，利用宅基地或其他集体建设用地、甚至占用耕地建造住宅，满足当地农民的居住需求后，将其余部分进行销售，所获收益归集体所有，向全体村民分红，并由村委会进行物业管理，安置村民就业等。
“在这个开发链条中，染指的各方几乎都是受益者。首先，由于不用交纳土地出让金和各种税费，小产权房的主导者村子或者镇里可获超额利益;其次，合作开发商也可按比例分成，收益一般也会超过商品房开发所得的收益;第三，村民除自住房外也可获得分红，尽管这部分收益，不少村民都不是很满意;第四，购房者购买到了远远便宜于大产权的房子。村、镇、开发商，甚至是村民、购房者形成了一个强大的利益共同体。”王先生分析。
“存在过错的不只是买房人、开发商、村集体，还包括乡镇政府，甚至更高一级政府。如果没有各区县、乡镇政府的批准或默许，村集体、开发商不敢冒那么大风险去违法开发建设小产权房。”王先生总结道。在他看来，多数小产权房都是开发商、村集体与乡镇政府“合谋”的产物。现在，政府举起鞭子，不能精准地打在某一个人身上，也是政府出台清理方案难产的原因之一。
