基本情况：江苏省某房地产开发企业成立于2006年4月，注册资本22800万元。企业成立以来，共开发了2个房地产开发项目，为某广场和某花园。
经调查核实，某广场项目大部分房屋已售出，未售部分已转为自用，达到可清算条件。
案头分析
(一)土地增值税清算审核方面
疑点1：其他应付款中有一笔500万元，已挂账长达4年之久，且发生时间为取得土地的半年之内，有可能为土地款的返还。
疑点2：土地出让合同约定该项目需承建一个农贸市场，但农贸市场的土地不出让，政府以建造成本价格回购该农贸市场，而企业报送的土地增值税清算资料显示将土地成本全部平均分摊了。
疑点3：前期工程费和建筑安装工程费可能存在偏高。该项目已售部分申报房地产开发成本为12643万元，可测算出整个项目的房地产开发成本为15836万元。经模型分析比较，该项目单位成本比可比项目高475元/平方米。
疑点4：企业提供的账务资料中反映房地产开发成本中大量的装修支出，而企业签订的商品房销售合同均为出售的毛坯房，存在疑点。
疑点5：可能存在多列地下车位成本的问题。
(二)建筑业项目清算方面
疑点6：该项目料、工、费的组成和其他同期可比项目相比大约偏高20%左右。并且该项目2次通过补充协议形式申请增加开票金额，其中有一笔土建工程的563万元的竣工决算报告、发票开具时间和付款时间均为2010年5月，而该项目在2008年底即竣工，时间上明显异常。
疑点7：装饰公司在提供项目清算资料时，只显示该项目装修支出为576万元，但无法提供详细的料、工、费明细清单。
举证约谈
针对上述疑问，清算审核人员对该公司财务负责人进行了约谈，该负责人对以上问题进行了解释说明：
对于疑点1，由于该项目承担了农贸市场的建设，政府为这个项目能顺利开发，做了协调工作，该镇属企业借款给企业解决资金问题。目前这个项目已基本结束，计划在今年将偿还该笔资金。
对于疑点2，由于土地出让合同签订时约定农贸市场土地不出让，后来由于农贸市场政府回购后需办理房产证，如不出让则无法操作，后来将土地改为出让，但土地出让金未发生变化。
对于疑点3和疑点6，该项目为企业开发的第一个项目，由于经验不足，没有控制好成本，增加了很多成本。部分款项在竣工后进行决算和支付，主要由于金额方面一直没谈拢，拖延了很长时间。
对于疑点4和疑点7，虽然该项目销售的为毛坯房，但也存在公共部位的装修，此部分为公共部位的装修支出。
对于疑点5，该项目未建地下人防，缴纳了人防异地建设费，该项目车位确实全部销售。
实地核查
为了进一步核实约谈中的各项问题，清算审核人员对该公司展开了实地核查。
对于疑点1，清算审核人员约谈了和企业发生往来的某镇属企业财务负责人。该负责人称由于该企业承担了农贸市场的建设，500万元是政府给企业的补偿款，当时镇政府通过下属公司支付给该企业。最终，企业认可取得土地使用权所支付的金额应纳税调减500万元。
对于疑点2，农贸市场分摊土地成本的问题，企业请国土房产局出具了相关证明，证明了实际情况与签订的土地出让合同有不一致，当时土地实际已出让给企业，并且办理了土地使用证，由于其帮政府承建了农贸市场，土地出让金未另外增加。
对于疑点3和疑点6，清算审核人员分别对该总包方和出具决算报告的造价事务所作了询问笔录，最终确认563万元为另一项目某花园发生的工程款。前期工程费和建筑安装工程费共纳税调减563万元。
对于疑点4和疑点7，清算审核人员发现在建筑业项目登记系统中，该企业与该装修公司共登记有2份合同，一份合同金额为180万元，登记的项目名称为某广场装修;另一份金额为400万元，登记的项目为某宾馆装修。清算审核人员调取了当时的项目登记资料，核实了180万元的装修合同为该项目公共部位装修支出，400万元的装修合同为某宾馆装修支出。最终，企业承认某宾馆的装修支出最终决算价为420万元，应在建筑安装费中予以纳税调减。
对于疑点5，清算审核人员最终确认只有82个地下车位，但发现有39个车位整体卖给南方宾馆，一般车位出售价格为8万元/个，而卖给宾馆才4万元/个，该宾馆和企业实质是同一控股人，其装修支出也由企业承担。销售39个车位属于关联交易，价格明显偏低，应予以调增收入156万元。
评估处理
经过以上调整后，清算审核人员作出初步审核结论：该项目共调增收入156万元，调减土地成本500万元，调减房地产开发成本983万元。调整后收入总额31990万元，扣除项目合计共26188万元，其中土地成本7150万元，房地产开发成本11660万元，房地产开发费用1881万元，房地产转让相关税金1735万元，财政部规定的其他扣除项目3762万元，增值额5802万元，增值额与扣除项目之比为22.16%，应缴纳土地增值税1741万元，已缴纳562万元，应补缴1179万元，税负率为5.44%。
