国家税务总局颁布的《关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发〔2006〕187号）于2007年2月1日正式实施。可在实际工作中，不少人对于在什么情况下该用哪一种计算方法计算缴纳土地增值税并不十分清楚，下边笔者就不同的四种经常出现的情况作分别说明。
土地增值税是对转让国有土地使用权、地上建筑物及其附着物并取得收入的单位和个人，就其转让房地产所取得的增值额征收的一种税。我国现行土地增值税的基本规范，是1993年12月13日国务院颁布的《中华人民共和国土地增值税暂行条例》（以下简称《土地增值税暂行条例》）。
根据《土地增值税暂行条例》第三条规定：土地增值税按照纳税人转让房地产所取得的增值额和条例规定的税率计算征收。土地增值税的计算公式应为：应纳税额=∑（每级距的土地增值额×适用税率）
这个公式是计算征收土地增值税的理论方法。从公式可以看出，计算土地增值税应纳税额的关键是正确的计算土地增值额。理论上计算土地增值额的公式是：土地增值额=转让房地产收入－税法规定的扣除项目金额。
随着《土地增值税暂行条例》颁布以来的十几年里，国家陆续颁布了一些有关土地增值税方面的法规政策。就如何确定土地增值额的问题，针对不同的情况，规定了不同的方法。依据不同的确定土地增值额的方法，衍生出的计算土地增值税应纳税额的计算方法也有所不同。因此，在实际的工作中，土地增值税应纳税额的计算方法应该分为以下四种。
查账征收方式
扣除式，是指计算土地增值额时，要按税法规定从收入中计算扣除法定项目金额。扣除式，是计算土地增值税应纳税额的最根本的方法，适用于能按照《土地增值税暂行条例》及其实施细则规定，正确核算转让房地产收入和扣除项目的纳税人，主要指从事房地产开发业务的纳税人（新项目转让）和发生旧房及建筑物交易的能够取得合法评估价格的纳税人（旧房及建筑物转让）。
按照《土地增值税暂行条例》第六条规定，扣除项目金额主要包括以下几项：
（一）取得土地使用权所支付的金额；
（二）开发土地的成本、费用；
（三）新建房及配套设施的成本、费用，或者旧房及建筑物的评估价格；
（四）与转让房地产有关的税金；
（五）财政部规定的其他扣除项目。
评估价计算方式
在实际房地产交易活动中，有些纳税人由于不能准确提供房地产转让价格或扣除项目金额，致使增值额不准确，直接影响应纳税额的计算和缴纳。《土地增值税暂行条例》第九条规定：纳税人有下列情形之一的，按照房地产评估价格计算征收：（一）隐瞒、虚报房地产成交价格的；（二）提供扣除项目金额不实的；（三）转让房地产的成交价格低于房地产评估价格，又无正当理由的。
预征计算方式
《中华人民共和国土地增值税暂行条例实施细则》（以下简称《实施细则》）第十六条规定：纳税人在项目全部竣工结算前转让房地产取得的收入，由于涉及成本确定或其他原因，而无法据以计算土地增值税的，可以预征土地增值税，待该项目全部竣工、办理结算后再进行清算，多退少补。
预征式计算土地增值税应纳税额，严格意义上只适用于从事房地产开发业务的纳税人在项目全部竣工结算前转让房地产取得的收入，即开发产品的预售收入。
需要提醒纳税人注意的是，从2007年2月1日起，根据《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发〔2006〕187号）规定，纳税人开发的房地产项目达到一定的条件时，纳税人要对项目所涉及的土地增值税进行清算。清算条件如下：
（一）符合下列情形之一的，纳税人应进行土地增值税的清算： [page]
1.房地产开发项目全部竣工、完成销售的；
2.整体转让未竣工决算房地产开发项目的；
3.直接转让土地使用权的。
（二）符合下列情形之一的，主管税务机关可要求纳税人进行土地增值税清算：
1.已竣工验收的房地产开发项目，已转让的房地产建筑面积占整个项目可售建筑面积的比例在85%以上，或该比例虽未超过85%，但剩余的可售建筑面积已经出租或自用的；
2.取得销售（预售）许可证满三年仍未销售完毕的；
3.纳税人申请注销税务登记但未办理土地增值税清算手续的；
4.省税务机关规定的其他情况。
核定征收方式
应该引起注意的是，核定征收方式既适用于房地产开发企业，又适用于转让旧房及建筑物的纳税人。
根据《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发〔2006〕187号）规定，从2007年2月1日起，房地产开发企业有下列情形之一的，税务机关可以参照与其开发规模和收入水平相近的当地企业的土地增值税税负情况，按不低于预征率的征收率核定征收土地增值税：（一）依照法律、行政法规的规定应当设置但未设置账簿的；（二）擅自销毁账簿或者拒不提供纳税资料的；
（三）虽设置账簿，但账目混乱或者成本资料、收入凭证、费用凭证残缺不全，难以确定转让收入或扣除项目金额的；（四）符合土地增值税清算条件，未按照规定的期限办理清算手续，经税务机关责令限期清算，逾期仍不清算的；（五）申报的计税依据明显偏低，又无正当理由的。
又根据《财政部、国家税务总局关于土地增值税若干问题的通知》（财税〔2006〕21号）规定：对于转让旧房及建筑物，既没有评估价格，又不能提供购房发票的，地方税务机关可以根据《中华人民共和国税收征收管理法》第三十五条的规定，实行核定征收。
