我国土地增值税实施细则规定，对从事房地产开发的企业，在缴纳土地增值税时允许按取得土地使用权时所支付的金额和房地产开发成本之和，加计20%的扣除。由于房地产开发成本费用繁多，核算比较麻烦，房地产开发企业在开展土地增值税清算时，特别是加计20%的扣除时，需要特别注意。
一、取得土地使用权
(一)根据《关于印发〈土地增值税宣传提纲〉的通知》(国税函发[1995]110号)规定，在具体计算增值额时，要区分以下几种情况进行处理：
1.对取得土地或房地产使用权后，未进行开发即转让的，计算其增值额时，只允许扣除取得土地使用权时支付的地价款、缴纳的有关费用，以及在转让环节缴纳的税金。显然，这种情况没有规定加计扣除项目。
2.对取得土地使用权后投入资金，将生地变为熟地转让的，计算其增值额时，允许扣除取得土地使用权时支付的地价款、缴纳的有关费用、开发土地所需成本再加计开发成本的20%以及在转让环节缴纳的税金。这种情况虽然可以加计扣除，但在计算转让土地使用权加计扣除项目时，仅是对开发成本加计扣除，对土地成本价款不加计扣除
(二)取得土地使用权时所缴契税
《关于土地增值税清算有关问题的通知》(国税函[2010]220号)第五条规定，房地产开发企业为取得土地使用权所支付的契税，应视同“按国家统一规定交纳的有关费用”，计入“取得土地使用权所支付的金额”中扣除。根据上述规定，房地产开发企业为取得土地使用权所支付的契税，应计入“取得土地使用权所支付的金额”，可作为加计扣除20%的基数。
(三)土地闲置费
《关于土地增值税清算有关问题的通知》(国税函[2010]220号)第四条规定，房地产开发企业逾期开发缴纳的土地闲置费不得扣除。因此，在计征土地增值税时不能予以加计扣除。
(四)取得土地使用权时政府以各种形式减免或者返还的金额
在计算土地增值税时，取得土地使用权支付的地价款，应以纳税人实际支付土地出让金减去因受让该宗土地时政府以各种形式支付给纳税人的经济利益。按照房地产企业财务会计制度规定，以上支出在“开发成本”中列支，收到返还的上述资金应冲减开发成本，在进行土地增值税清算时，应将上述实际支付的政府代收费用从“开发成本”调入“财政部规定的其他扣除项目”，不享受加计20%扣除的优惠。
二、房屋装修
(一)装修费用
《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》(国税发[2006]187号)第四条第(四)款规定，房地产开发企业销售已装修的房屋，其装修费用可以计入房地产开发成本，作为土地增值税的扣除项目。既然规定装修费用可以计入开发成本，则应当允许土地增值税加计扣除。
(二)精装修费用
如果属于与房屋不可分离，一旦分离将会导致房屋结构、功能损坏的部分，应当允许土地增值税加计扣除。但是，对于电视机、壁式空调等可以分离的部分，不得作为房地产开发成本，且不得加计扣除。
(三)旧房的装修费用
财税[2006]21号文规定：纳税人转让旧房及建筑物，凡不能取得评估价格，但能提供购房发票的，经当地税务部门确认，《条例》第六条(一)、(三)项规定的扣除项目的金额可按发票所载金额并从购买年度起至转让年度止每年加计5%计算。既然房屋的装修是作为评估其交易计税价格的因素之一，那么在计算土地增值税的扣除项目时也应该把房屋的装修成本和费用计入这个建筑物的“购建成本”，即对应《条例实施细则》第七条中的(二)项。所以，财税[2006]21号文中所规定的“每年加计5%”的基数应该包含“购房发票”和“装修发票”的金额。国税发[2006]187号文就规定：房地产开发公司销售精装修房，装修成本可以作为“开发成本”加计扣除。从政策的公平性角度考虑，旧房的装修费用，应该从装修完工取得装修发票的时间开始“每年加计5%“扣除。
三、代收费用
实际支付的代收费用可予以扣除，但不允许作为加计扣除的基数。《国家税务总局关于印发〈土地增值税清算鉴证业务准则〉的通知》(国税发[2007]132号)第二十五条规定，对纳税人按县级以上人民政府的规定在售房时代收的各项费用，应区分不同情形分别处理。
(一)代收费用计入房价向购买方一并收取的，应将代收费用作为转让房地产所取得的收入计税。实际支付的代收费用，在计算扣除项目金额时，可予以扣除，但不允许作为加计扣除的基数。
(二)代收费用在房价之外单独收取且未计入房地产价格的，不作为转让房地产的收入，在计算增值额时不允许扣除代收费用。
四、营销设施费用
在主体建筑内修建的售楼部、样板房等营销设施而发生的费用，可以加计扣除。根据国家税务总局纳税服务司于2010年08月23日在《房地产企业单独修建的售楼部等营销设施费，在土地增值税清算中如何扣除?》的回复内容，房地产企业单独修建的售楼部、样板房等营销设施费，应分不同情况处理：
(一)房地产企业在开发小区内、主体外修建临时性建筑物作为售楼部、样板房的，其发生的设计、建造、装修等费用，应计入房地产销售费用扣除。售楼部、样板房内的资产，如空调、电视机等资产性购置支出不得在销售费用中列支。
(二)房地产企业在主体内修建临时售楼部、样板房的，其发生的设计、建造、装修等费用，建成后有偿转让的，应计算收入并准予扣除。
(三)房地产企业利用规划配套设施发生的售楼部、样板房的设计、建造、装修等费用，如果建成后产权属于全体业主所有的，其成本、费用可以扣除;如果建成后无偿移交给政府、公用事业单位用于非营利性社会公共事业的，其成本、费用可以扣除;如果建成后有偿转让的，应计算收入，并准予扣除成本、费用。
