1、侵害不知情建筑物所有权人的利益
房地产开发商或投资者一般属于专业人员，他们知道土地的使用权的年限。然而对于一般的缺乏法律知识的老百姓，奋斗多年终于可以买一套属于自己的房子了，在购房时很有可能不知道土地使用年限对于其所购房屋的意义，这在无形之中就侵害了这些不知情建筑物所有权人的利益。
2、土地使用权期届满后住房的处理问题
当土地使用权期满后，地上建筑物处理问题也引起广泛争议。虽然，关于土地使用权期满后地上建筑物的归属问题，我国现行法律中有所规定。在《城镇国有土地使用权出让和转让暂行条例》规定：“土地使用权期满， 土地使用权及其地上建筑物、其他附着物所有权由国家无偿取得。”土地使用权期满由国家无偿收回，这无可非议，，但地上建筑物、其他附着物的所有权也由国家无偿取得，这似乎有些不合道理。而且建筑物有其价值，使用权人在建造此建筑物时投入了一定的建筑材料，同时付出了一定的时间与劳动，这些都是价值所在，这些也相当于建筑物所有权人的资本。当政府要收回土地时，也就意味着收回了建筑物所有权人的一部分资本，因此，政府在收回土地时，应该按照一定的补偿标准对建筑物所有权人进行合理的补偿。
3、土地使用权期满后房屋所有权人的安置问题
《物权法》第149条第1款规定： “住宅建设用地使用权期间届满的，自动续期。”然而这种续期并非是无偿的，在土地使用权届满后房屋所有权人还要向政府缴纳一定的土地使用权出让金才可以继续使用住房，这无疑给所有权人增加负担。
这里存在着几点疑问：如果所有权人支付不起出让金的数额怎么办?如果房屋所有权人能支付得起这笔费用，但忘了申请续期，时间一过，其所有权便丧失了，那他除了支付一次土地使用权出让金之外，是否还必须把自己的房子再买回来?可见目前的《物权法》对于土地使用权期限届满后的规定还有不完善之处，并不能保证这一部分老百姓的利益，这也是政府今后需要进一步探讨的问题。
4、土地及社会财富造成浪费
我国按照土地用途将土地使用权出让年限规定在40～70年之间，但实际上一般钢筋混凝土结构物的建筑物完全可以使用100年以上，即使是普通砖混结构的建筑物，也可使用70～80年。而且随着科技的进步，人们广泛使用更加结实且耐久的建筑材料，大大延长了建筑使用寿命，必会超过规定的使用年限。但是当土地使用权到期，根据国家的规定，将被国家收回，而且国家不仅不会给予补偿，可能还要拆除地上建筑物进行出让，使原来投资在构造建筑物上的资金化为乌有，这不得不说是一种浪费。其次，投资者对于土地投资之前往往会考虑土地的使用年限还剩余多少，如果时间太短，他们就会放弃投资，改寻其他的土地，这也不利于土地的开发和利用。与此同时，随着土地使用权期限的临近，地上的建筑物也必会大大的贬值，土地使用权人会减少对土地的投资，甚至不投资，这片土地很有可能被废弃，直到使用权届满后被国家收回，这也必将影响土地经济价值的充分发挥。
