1、工程设计合同纠纷解决方式中和解是最佳的方式，工程设计合同纠纷双方当事人通过协商对工程造价等有争议的地方进行深入的沟通并互相谅解从而达成共识，这样既可以防止损失扩大也可以节省其他解决方式的开支。
2、工程设计合同纠纷解决方式中协调是很好的解决方式，工程设计合同纠纷双方当事人在相关造价管理部门的协调下对工程造价、材料价格等存在争议的地方明确下来，从而在比较和气的背景下将工程设计合同纠纷解决。
3、工程设计合同纠纷解决方式中仲裁是具有一定法律约束力的书面裁决，工程设计合同纠纷双方当事人可以依据工程合同约定或者是争议发生之后所达成的书面协议提交给对应的仲裁机构对相关争议问题进行仲裁。
4、工程设计合同纠纷解决方式中诉讼是最后的解决方式，前面三种方式都无法解决工程设计合同纠纷的情况下，工程设计合同纠纷一方当事人可以向法院提起诉讼解决。
第一，建设工程合同的效力问题。
首先，应当尽量维护合同的效力。建设工程合同受到不同部门的法律、行政法规和规章的调整，特制是法律、法规、规章中的强制性规范较多，如果违反这些规范都以违反法律强制性规定为由认定合同无效，不符合《合同法》的立法精神，不利于维护交易的稳定性，也不利于保护各方当事人的合法权益。
同时，也会阻碍建筑市场的健康发展。法律和行政法规中的强制性规定有的属行政管理规范，如果当事人违反了这些规范应当受到行政处罚，但是不应当影响合同的效力。最高人民法院公布的《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》（以下简称《解释》）将于2005年1月1日施行。
根据《解释》第1条和第4条的规定，除《民法通则》、《合同法》等基本法律规定的合同无效情形应当适用于建设工程合同外，建设工程合同存在以下五种情形也应认定无效：
一是承包人未取得建筑施工企业资质或者超越资质等级的；
二是没有资质等级的实际施工人借用有资质的建筑施工企业名义的；
三是建设工程必须进行招标而未招标或中标无效的；
四是承包人非法转包建设工程的；五是承包人违法分包建设工程的。除此之外，就应当尽量认定合同有效。
其次，对垫资条款不作无效处理。长期以来，人民法院认为建设工程合同中的垫资、带资条款或者当事人另行签订的垫资合同的性质为企业法人间违规拆借资金；但对于是否应当认定垫资条款无效，却有不同的认识。《解释》第6条确立了垫资合同或垫资条款的有效处理原则。
主要理由是：
一是建筑市场垫资比较普通，如果认定垫资无效，不利于保护承包人的利益。
二是如果认定垫资条款无效，违反国际惯例，垫资承包是国际上业已存在并被认可的承包方式。
三是原国家计划委员会、建设部和财政部联合发布的《关于严格禁止在工程建设中带资承包的通知》不属行政法规，不能作为认定垫资无效的法律依据。
再次，即使合同无效但建设工程合格的，也可参照合同约定结算工程价款。按照合同无效的一般处理规则，因该合同取得的财产，应当予以返还，不能返还或没有必要返还的，应当折价补偿。建设工程合同具有特殊性，合同履行的过程，就是将劳动和建筑材料物化在建筑产品的过程，已经履行的部分，不能通过返还恢复到合同签订前的状态，只能折价补偿。
通过折价补偿的方式处理，不仅符合当事人签约时的真实意思，还可以避免通过鉴定确定工程价值，提高了诉讼效率。因此《解释》第2条确立了参照合同约定结算工程款的折价补偿原则。但其适用的前提是建设工程质量必须合格，包括两种情况，一是建设工程经竣工验收合格，二是虽经验收不合格，但经承包人修复后再验收合格。
第二，建设工程合同的解除问题。
合同的解除，一般包括约定解除和法定解除两种形式。法定解除主要适用于当事人不履行合同的主要义务，致使合同目的无法实现的情形。《解释》第8条和第9条的规定主要是对合同法第94条关于合同解除权规定适用于建设工程合同的具体化，其目的是通过明确解除合同的条件，防止合同随意被解除，从而保证建设工程合同全面实际履行。
《解释》第8条规定了发包人的解除权；承包人具有下列情形之一，发包人请求解除合同的，应予支持：
（一）明确表示或者以行为表明不履行合同主要义务的；
（二）合同约定的期限内没有完工，且在发包人催告的合理期限内仍未完工的；
（三）已经完成的建设工程质量不合格的，并拒绝修复的；
（四）将承包的建设工程非法转包、违法分包的。唯该条（四）的规定与《解释》第4条规定非法转包、违法分包无效似乎有些矛盾，有待进一步研究。
《解释》第9条规定了承包人的解除权。该条规定：发包人有下列情形之一，致使承包人无法施工，且在催告的合理期限内仍未履行相应义务，承包人请求解除建设工程合同的，应予支持：
一是未按约定支付工程价款的；
二是提供的主要建筑材料、建筑构配件和设备不符合强制性标准的；
三是不履行合同约定的协助义务的。《解释》第10条规定了建设工程施工合同解除后的处理规则。
合同解除后，已经完成的建设工程质量合格的，发包人应当按照约定支付相应的工程价款；已经完成的建设工程质量不合格的，参照解释第３条处理。
第三，建设工程质量问题。
建设工程质量关系到公共安全，为确保建设工程质量，《合同法》、《建筑法》、《建设工程质量管理条例》等法律、法规、规章都作出了许多具体规定。同时，建设工程质量也直接关系到工程价款的支付和修复费用的承担。《解释》第11条、第12条、第13条对建设工程的质量不符合约定，建设工程质量缺陷以及建设工程未经竣工验收发包人擅自使用的责任承担，作了集中规定。
首先，因承包人的过错造成建设工程质量不符合约定的，承包人拒绝修理、返工或改建，发包人请求减少支付工程价款的，应予支持。这实质上赋予了发包人变更合同的请求权。
其次，对建设工程质量缺陷的造成，适用过错责任，不仅规定承包人有过错的，应当承担相应的过错责任，发包人有过错的，也应当承担过错责任。
再次，建设工程未经竣工验收，发包人擅自使用的，承包人仅在合理使用寿命内对地基基础工程和主体结构质量承担责任。
最后，无论建设工程合同无效，还是有效，如果建设工程经修复最终仍被确认质量不合格的，承包人请求支付工程款的，不应支持。
第四，建设工程结算和鉴定问题。
首先，建设工程结算应当充分尊重当事人的约定。当事人对建设工程的计价标准或者计价方法有约定的，按照约定结算工程款。一般情况下，建设工程经竣工验收合格后，双方就应当结算。结算中，一般是由承包人提交竣工结算报告，由发包人审核。实践中有的发包人收到承包人提交的工程结算文件后迟迟不予答复或根本不予答复，以达到拖欠或不支付工程款的目的，严重损害了承包人的合法权益。为制止这种不法行为，《解释》第２０条明确规定，当事人约定，发包人收到竣工结算文件后，在约定期限内不予答复，视为认可竣工结算文件的，按照约定处理。
其次，只有因设计变更导致建设工程的工程量或质量标准发生变化，当事人对该部分工程价款不能协商一致的，可以参照签订建设工程施工合同时当地建设行政主管部门发布的计价方法或者计价标准结算工程价款。通过招标投标签订的建设工程合同与中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算价款的标准。
再次，当事人约定按照固定价结算价款，一方当事人请求对建设工程造价鉴定的，不予支持。建设工程计价方法一般分为固定价格计价、可调价格计价和工程成本加酬金计价等。当事人采用可调价格计价方式，常常因约定不明确、不具体而发生纠纷，引起造价鉴定问题。
最后，当事人对部分案件事实有争议的，仅对有争议的事实进行鉴定，但争议事实范围不能确定，或者双方当事人请求对全部事实鉴定的除外。当事人申请鉴定一般应当在举证期限内提出。对有缺陷的鉴定结论，一般不予重新鉴定。应当严格掌握重新鉴定的四条标准。
第五，对《合同法》第286条的理解和适用。
首先，承包人的优先受偿权的性质，在理论上，尽管有特殊留置权、优先权等几种学说，但通说为法定抵押权，而且不需登记，只要发包人未按约定支付价款，经催告逾期仍不支付的，这种法定抵押权就会产生。
其次，该法定抵押权的行使，既可以通过双方协商，也可以申请法院拍卖建设工程，可不经过诉讼途径行使。
再次，最高人民法院公布，于2002年6月27日施行的《关于建设工程价款优先受偿权问题的批复》，对承包人优先受偿权与抵押权和其他债权的关系，与作为消费者的买受人的关系以及对建设工程价款的范围、权利行使的期限均作了规定。《解释》对此未再作规定。但，第286条有一个“除外”的规定，即“除按照建设工程的性质不宜折价、拍卖的以外”，如何理解，认识上不完全一致。一种观点认为是法律上的禁止流通物，包括公有物与公用物；另一种观点认为仅限于依照法律规定或依其性质不能产生收益的公有物与公用物。这也是需要进一步研究的问题。
因履行建设工程合同发生纠纷、无法自行和解时，合同当事人将会向有管辖权的人民法院提起诉讼（如果合同约定仲裁则向约定的仲裁机关提起仲裁）。受诉法院对建设工程施工合同案件是否具有管辖权，是受诉法院能否受理立案并进行审理的前提，因此，诉讼管辖权直接关系到民事诉讼程序能否顺利、合法进行，并直接影响到实体审理的正确与否。综上，建设工程合同纠纷的诉讼应向工程所在地的人民法院起诉。
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