首先建筑工程合同双方自愿原则是调解合同纠纷案件的基础。依照《合同法》，只有在双方自愿的前提下，合同纠纷案件的调解工作，才能达成和解协议。如果双方并不是在资源前提下，那双方就不能达成和解协议。
选择用何种方式解决建筑工程合同争议，是双方当事人的权利，而不是其他人。建筑工程合同产生纠纷，只有合同签订人或有委托授权的人才能有权申请调解。因此，除当事人或授权人委托人以外的第三人提出的合同纠纷调解申请，工商行政管理部门不予受理。
建筑工程合同纠纷的调解，只有明确的被申请人、具体的调解请求和事实根据才能进行受理调解。否者，没有明确的主体，相关的事实依据以及请求，调解无法进行。
我国民事纠纷的解决有四种方式，每种方式有其自身的范围，并不是任何纠纷都可以随意进行和解、调解等。在我国，已向人民法院起诉或已向仲裁机构申请仲裁的，是不予受理的。
1、2008年5月22日，A公司与B工程有限公司签订《钢结构安装施工合同》，约定A公司承建厂房钢结构安装工程。合同约定，自竣工验收之日起15日内支付决算总价的95%，余下5%为质量保证金，自完工交付使用后12个月付清。合同签订后，A公司按合同约定完成了施工项目的全部内容，履行了合同约定的义务。依据《钢结构安装施工合同》，该工程最后决算款为2807967.93元(系A公司单方计算，未经B工程有限公司确认)。B工程有限公司于合同签订后支付了100万元工程预付款，完工后经A公司多次催要，也仅支付了68万元，尚欠工程款1127967.93元。
2、2010年5月19日，公司依据合同约A定将B工程有限公司告上法庭，要求其支付余下工程款，B工程有限公司针对A公司提出反诉，称工程存在质量问题和安全隐患，请求支付拆除、重做费用1220055.65元，工期延误违约金128000元。经法院聘请专业机构鉴定：公司依A法申请了工程造价鉴定，工程造价鉴定总价为1877001元。B工程有限公司对质量问题申请鉴定，鉴定结果为：1.部分支架基础混凝土强度不符合图纸要求；2.被检H型钢规格与设计图纸不符；3.部分支架挡风板内侧增加方钢管不符合设计图纸要求。A公司针对质量鉴定的问题，提出申请对支架基础现有的强度检测结果及增加方钢管承载力能否满足规范使用要求进行测算鉴定，经过鉴定结果为：支架桩基的承载力及外侧增加方钢管承载力满足规范要求。
最后在法院主持下，双方达成调解协议：B工程有限公司支付A公司剩余工程款项。
3、本案为典型的建筑工程欠款纠纷所连带引起的建筑工程质量纠纷，作为欠付工程款的一方在另一方追索工程款时，为了达到不予支付或少付款的目的，提起质量问题的反诉请求，并要求承担大额的维修费用及延误工期的违约金，这是建筑工程类案件的一个特点。建筑工程案件中，另一个显著的特点是鉴定多，战线长，本案所涉及的有《检测鉴定报告》、《检测鉴定报告补正》以及化工防风抑尘墙安装工程造价鉴定、专业技术测算鉴定报告等，由于审理法官均不是建筑工程专业人士，均需借助专业的鉴定机构对专业问题进行鉴定。这些可能会给双方造成巨大压力，虽然得到了判决，时间上也损失很多。
1、调解的开始《民事调解规定》第2条规定：对于有可能通过调解解决的民事案件，人民法院应当调解。但适用特别程序、督促程序、公示催告程序、破产还债程序的案件，婚姻关系、身份关系确认案件以及其他依案件性质不能进行调解的民事案件，人民法院不予调解。
根据民事诉讼法的规定，法院调解在诉讼的各阶段、各审级中均可进行。具体来讲，法院在案件受理之后开庭之前可以进行调解，在庭审过程中可以进行调解，在二审中乃至在再审中也都可以进行调解。根据《民事调解规定》，调解可以在答辩期满后裁判作出之前进行，在征得当事人各方同意后，法院可以在答辩期满前进行调解。庭审中的调解，通常情况下是在法庭辩论结束后进行。根据司法实践，调解可以当庭进行，也可以在休庭之后另定日期进行。调解的开始，一般由当事人提出申请，法院也可以依职权主动提出建议，在征得当事人同意后开始调解。
2、调解的进行法院的调解在审判人员的主持下进行。调解工作既可以由合议庭共同主持，也可以由合议庭中的一个审判员主持；调解可以在法庭上进行，也可以在当事人所在地进行。法院进行一调解，可以邀请有关单位和个人协助。被邀请的单位和个人，应当协助人民法院进行调解。这里所说的有关的单位和个人，主要是指当事人所在的单位或对案件事实有所了解的单位以及当事人的亲友，由他们来协助调解，有利于缓解诉讼的紧张气氛，解除当事人思想上的一些疑虑，促成调解协议的形成。
法院调解应当在当事人的参加下进行，原则上要采取面对面的形式。根据《民事调解规定》，法院根据需要也可以对当事人分别做调解工作。调解的进行，当事人可以亲自参加，也可以委托诉讼代理人代为进行调解。无诉讼行为能力的当事人进行调解，应当有其法定代理人代为进行。离婚案件原则上应由当事人亲自参加调解，确有困难无法亲自参加调解的，当事人应就离与不离问题出具书面意见。
调解协议通常是在调解方案的基础上形成的。调解方案原则上应当由当事人自己提出，双方当事人都可以提出调解方案。根据《民事调解规定》，主持调解的人员也可以提出调解方案供当事人协商时参考，双方当事人经过调解，达成调解协议，法院应当将调解协议做记录，并由当事人或经授权的代理人签名。根据民事诉讼法的有关规定，调解协议违背法院调解有关原则的，人民法院不予确认。《民事调解规定》第12条规定，具有下列情形之一的，人民法院不予确认：
(1)侵害国家利益、社会公共利益的；
(2)侵害案外人利益的；
(3)违背当事人真实意思的；
(4)违反法律、行政法规禁止性规定的。
3、调解结束调解因当事人拒绝继续调解或双方达成协议而结束。当事人拒绝继续调解而未达成调解协议的，人民法院应当对案件继续审理，并及时作出判决；调解达成协议的应要求双方当事人在调解协议上签字，并根据情况决定是否制作调解书。
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