工程建设是需要签订书面合同的，而补充协议只是主合同的补充约定，不能代替主合同，所以只签订补充协议是无效的。
第五百一十条 合同生效后，当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的，可以协议补充；不能达成补充协议的，按照合同相关条款或者交易习惯确定。
第七百八十九条 建设工程合同应当采用书面形式。
建设工程合同是承包人进行工程建设施工，发包人支付价款的合同，是建设工程的主要合同，同时也是工程建设质量控制、进度控制、投资控制的主要依据。施工合同的当事人是发包方和承包方，双方是平等的民事主体。近年来，随着国有投资建设项目审计工作力度的加强，越来越多的工程在竣工结算时都要求经过审计这一程序。因此，业主和承包商往往把视线的焦点过多地集中在最终的工程竣工结算审计上，而对于开工前所签订的建设工程施工合同普遍关注不够，从而导致建设工程施工合同的不规范、不严密等现象产生，其后果不仅会给建设单位或承包单位带来直接或间接的经济损失，而且也给工程竣工结算审计带来不少争议。
１、一般情况下，补充协议不能涉及主合同约定的主要标的物，不能对主合同进行实质性修改。如果要对主合同进行实质性的修改，其前提是必须符合法律规定事由，例如在合同履行过程中正常的变更或建筑面积等的变化，就可以通过签订补充协议或签证来进行。
２、特殊情况下，建筑许可、建筑工程发包与承包、建筑工程监理需要在相关部门备案的合同，以及经过招投标的合同，其条款一般不能在补充协议中随便更改。但是，现实中由于合同双方在主合同签订后往往需要订立一些与原合同不一致（主要是工程价款方面）的补充协议，按照招投标法及最高人民法院的相关司法解释，这样的补充合同中的内容是具有相应效力的，也不能推翻原合同。
３、从理论上说，经过备案的以及经过招投标的合同，涉及合同实质性内容的变更签证，应再度进行备案。至于这种备案是否是强制性的，如何进行备案，目前法律上并无新增的管理规定，可以参考当地备案部门的相关要求来决定。
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