案情简介：
2007年，开发公司与建筑公司签订施工合同并备案，约定按可调价方式结算。2010年，因开发公司原因导致停工损失，由此双方所签补充协议约定开发公司赔偿建筑公司2000万元，并约定按固定单价方式以房抵顶赔款及工程款。
法院认为：
①因补充协议签订在后，且对施工合同约定进行了变更，双方应按补充协议约定的固定单价方式进行结算。开发公司虽称补充协议系迫于政府部门、施工进度、工期、返迁等各种压力签订，但并未否认此协议真实性，亦未主张撤销，故补充协议对其仍有拘束力。
②最高人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第21条关于“当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的依据”之规定针对的是当事人在中标合同之外另行签订建设工程施工合同，以架空中标合同、规避中标行为和行政部门监管情形，而补充协议是在双方履行施工合同过程中，为解决因工程多次停工给建筑公司造成的损失而签订，只是变更了结算方式，施工合同其他工程质量、工期、项目性质等内容并未涉及，双方签订补充协议后，依然以施工合同为主要合同依据继续履行，故从性质上判断，补充协议关于结算方式变更，实质系对停工损失赔偿约定，属双方当事人在合同履行过程中经协商一致的合同变更，不属前述司法解释第21条规定的“黑白合同”情形。
③补充协议约定的固定单价，指的是每平方米均价，针对的是已完工工程。根据已查明事实，建筑公司退场时，案涉工程尚未完工。此情形下工程款如何计算，现行法律、法规、司法解释未作规定。一审判决先以固定单价乘以双方约定面积计算出约定的工程总价款，再通过造价鉴定计算出建筑公司完成部分占整个工程比例，再用计算出的比例乘以约定工程总价款确定建筑公司应得工程款，此种计算方法，能兼顾合同约定与工程实际完成情况，并无不当，故予维持。
实务要点：
建设工程中标合同履行过程中，为赔偿一方停工损失而对工程价款结算方式进行的变更约定，其实质为关于损失赔偿的约定，属合同履行过程中的正常变更，不属于最高人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第21条规定的“黑白合同”情形，其效力应予认定。
案例索引：
最高人民法院（2015）民一终字第309号“某开发公司与某建筑公司建设工程施工合同纠纷案”，见《合同履行过程中的正常变更与黑白合同的认定——唐山凤辉房地产开发有限公司与赤峰建设建筑（集团）有限责任公司建设工程施工合同纠纷案》（于蒙，最高院民一庭；审判长韩延斌，代理审判员王林清、于蒙），载《民事审判指导与参考·最高人民法院案件解析》（201601/65:169）。
