合同如无违反法律、行政法规禁止性规定情形的，仍应确认合同有效。在此基础上，应依据合同法第六十一、六十二条之规定的精神，由双方当事人在诉讼中协商补充工程造价及决算的约定；协商不成又无法采取其他结算方式结算工程款时，可依当事人申请委托工程造价审计部门对工程款的数额予以鉴定。
对作为定案证据的鉴定结论，必须查证属实才能够采信，鉴定部门作出鉴定结论后，法院应组织对鉴定结论进行质证，听取双方异议和理由。针对当事人提出的异议，应由鉴定机构作出解释并组织双方当事人及鉴定机构进行质证。鉴定机构应当接受当事人的质询并应提出对异议的处理意见。对于鉴定结论明显证据不足，违反客观规律或与当事人提供的证据明显不一致的、有缺陷的鉴定结论，不能作为定案依据。可根据案件的具体情况通过重新鉴定、补充鉴定、重新质证、补充质证等方法解决。如果经质证后，当事人没有提出足以反驳的相反证据和理由的，可以认定其证明力。
