工程预付款的扣回，扣款的方法有两种：
1、可以从未施工工程尚需的主要材料及构件的价值相当于工程预付款数额时起扣，从每次结算工程价款中，按材料比重扣抵工程价款，竣工前全部扣清；基本公式：T=P-M/N；式中T―起扣点，工程预付款开始扣回时的累计完成工作量金额；M―工程预付款限额；N―主要材料的占比重；P―工程的价款总额；
2、建设部《招标文件范本》中规定，在承包完成金额累计达到合同总价的10%后，由承包人开始向发包人还款；发包人从每次应付给承包人的金额中扣回工程预付款，发包人至少在合同规定的完工期前三个月将工程预付款的总计金额按逐次分摊的办法扣回。
施工企业承包工程，一般实行包工包料，需要有一定数量的备料周转金，由建设单位在开工前拨给施工企业一定数额的预付备料款，构成施工企业为该承包工程储备和准备主要材料、结构件所需的流动资金。
预付款还可以带有“动员费”的内容，以供组织人员、完成临时设施工程等准备工作之用；
预付款相当于建设单位给施工企业的无息贷款。
预付款与建筑材料供应方式相关联
1、包工包全部材料工程：预付备料款数额确定后，建设单位把备料款一次或分次付给施工企业
2、包工包地方材料工程：需要确定供料范围和备料比重，拨付适量备料款，双方及时结算
3、包工不包料的工程：建设单位不需预付备料款
预付款的有关事项，如数量、支付时间和方式、支付条件、偿还(扣还)方式等，应在施工合同条款中具体明确规定
施工企业从建设单位取得工程预付款属于企业筹资中的商业信用筹资
《合同法》
第二百八十六条 工程价款的支付
发包人未按照约定支付价款的，承包人可以催告发包人在合理期限内支付价款。发包人逾期不支付的，除按照建设工程的性质不宜折价、拍卖的以外，承包人可以与发包人协议将该工程折价，也可以申请人民法院将该工程依法拍卖。建设工程的价款就该工程折价或者拍卖的价款优先受偿。
根据法律规定可以得知，工程预付款的扣回可以从未施工工程尚需的主要材料及构件的价值相当于工程预付款数额时起扣，从每次结算工程价款中，按材料比重扣抵工程价款，竣工前全部扣清。以上便是找法网小编为您带来关于工程预付款扣回怎么处理的相关知识，若大家有什么不了解的亦或是有其他疑问的可以咨询找法网的律师。
