如果没有分包，一般计税的工程增值税计算如下：
1000/1.03*0.03=29.1262万，城建税用29.1262万乘7%，教育费附加用29.1262万乘3%，地方教育附加用29.1262乘2%，如果工程所在地不是在公司注册地，还要在工程所在地预交1000/1.03的0.0004的个人所得税和0.0002的企业所得税，另外1000万的合同还要按万分之三交印花税。
纳税人销售或者进口货物，除以下第二项、第三项规定外，税率为17%。
纳税人销售或者进口下列货物，税率为13%：、自来水、暖气、冷气、热水、煤气、石油液化气、天然气、沼气、居民用煤炭制品、图书、报纸、杂志、饲料、化肥、农药、农机、农膜、农业产品、以及国务院规定的其他货物。
纳税人出口货物，税率为零；但是，国务院另有规定的除外。
纳税人提供加工、修理、修配劳务税率为17%。纳税人兼营不同税率的货物或者应税劳务，应当分别核算不同税率货物或者应税劳务的销售额。未分别核算销售额的，从高适用税率。
企业所得税按年计算，但为了保证税款及时、均衡入库，对企业所得税采取分期(按月或季)预缴、年终汇算清缴的办法。纳税人预缴所得税时，应当按纳税期限的实际数预缴，按实际数预缴有困难的，可以按上一年度应纳税所得额的l/12或1/4，或者经当地税务机关认可的其他方法分期预缴所得税。预缴方法一经确定，不得随意改变。
法律依据：《特别纳税调整实施办法（试行）》 第一百零七条
税务机关根据所得税法及其实施条例的规定，对企业做出特别纳税调整的，应对2008年1月1日以后发生交易补征的企业所得税税款，按日加收利息。
(一)计息期间自税款所属纳税年度的次年6月1日起至补缴(预缴)税款入库之日止。
(二)利息率按照税款所属纳税年度12月31日实行的与补税期间同期的中国人民银行人民币贷款基准利率(以下简称“基准利率”)加5个百分点计算，并按一年365天折算日利息率。
(三)企业按照本办法规定提供同期资料和其他相关资料的，或者企业符合本办法第十五条的规定免于准备同期资料但根据税务机关要求提供其他相关资料的，可以只按基准利率计算加收利息。
企业按照本办法第十五条第(一)项的规定免于准备同期资料，但经税务机关调查，其实际关联交易额达到必须准备同期资料的标准的，税务机关对补征税款加收利息，适用本条第(二)项规定。
(四)按照本条规定加收的利息，不得在计算应纳税所得额时扣除。
企业所得税的应纳税额，用企业的应纳税所得额乘以所得税税率计算得出的就是应纳税额，应纳税所得额，是用企业的收入减去支出，计算出企业的利润，即为应纳税所得额，当然实际的会计处理会复杂得多，因为能否作为支出扣除有诸多限制条件。
法律依据：《中华人民共和国企业所得税法》
第五十四条
企业所得税分月或者分季预缴。 企业应当自月份或者季度终了之日起十五日内，向税务机关报送预缴企业所得税纳税申报表，预缴税款。
企业应当自年度终了之日起五个月内，向税务机关报送年度企业所得税纳税申报表，并汇算清缴，结清应缴应退税款。
企业在报送企业所得税纳税申报表时，应当按照规定附送财务会计报告和其他有关资料。
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