工程结算纠纷的处理，以预算部为主，其它部门配合完成。预算部将结算资料交由相关成本控制人员进行资料符合性审核，针对资料的完整性，真实性，合理性，合法性进行详尽认真的审核，对于不符合要求，需要进一步补充的结算资料，通知工程部在要求的时间内整改，补充。
预算部根据经符合性审核后的结算资料，收集相关审核依据资料。预算部专业审核人员根据完整的，符合要求的结算资料进行结算审核工作，任何部门及人员不得以任何理由无理干涉结算审核工作，以免影响结算审核的客观真实性，公正性，合法性与合理性，在结算审核过程中，根据结算审核工作需要由相关部门，人员，进行配合的，相关部门，人员应积极配合，不得以任何理由拒绝，推诿，否则承担相应责任。
结算经过初审后，进行全面，详细复核，调整，使结算符合客观事实，做到真实，精确，科学合理，公正合法。
工程结算是指施工企业按照承包合同和已完工程量向建设单位(业主)办理工程价清算的经济文件。
工程建设周期长，耗用资金数大，为使建筑安装企业在施工中耗用的资金及时得到补偿，需要对工程价款进行中间结算(进度款结算)、年终结算，全部工程竣工验收后应进行竣工结算。在会计科目设置中，工程结算，为建造承包商专用的会计科目。工程结算是工程项目承包中的一项十分重要的工作。
工程竣工结算由承包人或受其委托具有相应资质的工程造价咨询人编制，由发包人或受其委托具有相应资质的工程造价咨询人核对。工程竣工结算的依据主要有以下几个方面：
1、《建设工程工程量清单计价规范》；
2、施工合同(工程合同)；
3、工程竣工图纸及资料；
4、双方确认的工程量；
5、双方确认追加(减)的工程价款；
6、双方确认的索赔、现场签证事项及价款；
7、投标文件；
8、招标文件；
9、其他依据。
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