BOT项目在我国目前还处于试用点阶级，现行法律还不完全适于BOT项目，因此目前BOT项目的特许权项目的签订和授予过程有一定的特殊性。政府和项目发起人就特许权协议达成一致后，双方首先草签特许权协议，草签后要上报国家主管部门批准，获得批准后才能正式生效。政府将正式向项目公司发中标函，将项目授予项目公司。
每个项目的谈判从开始到结束的各个步骤也有所不同。即使是相似的项目，完成谈判也不一定必须采用同样的步骤，谈判者必须保持最大的灵活性。尽管如此，谈判过程并非无章可循，各个项目的谈判过程都或多或少有些相似之处，有些典型的谈判阶段对各种谈判基本都是适用的。
一个特定BOT项目的谈判大体上可以分为下面几个阶段：
(1)谈判准备阶段。开始谈判前，一定要做好准备工作，只有这样才能在谈判中争取主动权。对于一个BOT项目，特许权协议涉及到国际工程承包、技术、经济、法律、环保等广泛领域，谈判的准备工作包括：谈判的组织准备、组成谈判小组与选定谈判组长、制定谈判方案、列出需要解决问题清单、写出谈判大纲、准备谈判所需资料、谈判议程的商定。
(2)谈判进行阶段。谈判开始阶段，主要是了解对方基本情况。谈判中应向对方清楚表达自己的立场，而不能回避自己的观点;谈判中双方都希望讨论自己关心的问题，应注意引导对方转向自己关心的问题;如在谈判在出现僵局，在这种情况下应努力控制自己的情绪、认真对待对方的观点、冷静分析其合理性。当然，在谈判中也不能轻易让步，即使对方要求合理，也应找一个我方合理的要求同时给予解决。
(3)签约并授予项目。经过双方谈判，双方当事人就BOT项目特许权协议中各方的权利、义务达成一致，就具备了签订协议的条件。
谈判注意事项：
(1)善于抓住实质性问题。在BOT谈判过程中会遇到许多问题，有些主要有些则次要，在谈判过程中不能为小事争论不休，反而因小失大。
(2)谈判中要有礼有节。谈判要不卑不亢、坚持原则、态度友好，除了代表精神风貌外，文明的谈判方式有助于谈判成功。
(3)对外谈判不要暴露内部矛盾。当内部出现分歧时，可以建议休会。回去讨论。如果在谈判桌上争吵，很有可能泄露谈判机密，也有失风度。
(4)谈判要做好记录。谈判中不形成正式合同文本，每一轮谈判后都要根据记录对文本进行整理，然后由双方确认。如果记录不全或错误记录，整理文件时没有依据，如对方提出异议，也很难反驳，更影响谈判进程。
(5)重视贷款人的权利。BOT项目中贷款人的作用是举足轻重的。虽然特许权协议双方当事人是政府和投标人，但双方当事人谈判过程中应对达成的条款征求贷款人的意见，尤其是那些与贷款人有利益关系的条款。
