包工头现在可以考虑下自然人代开低税率的优惠政策，每人每年建议代开金额控制在500万以内，综合税率2.56％（其中个人所得税核定0.5％，划入经营所得。受票方公司接收到票后不用再代扣代缴个税）。如此一来，包工头就可以根据这种政策来合理的收取工程款，解决了建筑公司的这部分成本票问题，包工头拿到工程款后就可以把钱给到下面建筑工人，个税问题也就随之解决了。
如果建筑公司不愿意接受自然人代开的发票，要求企业性质发票，那么包工头可以成立一家小规模纳税人或者一般纳税人的个人独资企业来接业务，工程款打到个独企业后，按照建筑公司要求开具发票。之后个独企业按照核定征收的方式缴纳个人经营所得税（税率0.5％－2.1％），增值税及附加税正常缴纳，小规模纳税人个独综合税率5％左右。
作为建筑公司，也是同样可以成立个人独资企业解决所得税、分红税、员工个税问题，分包部分服务型业务到个人独资企业进行，享受核定征收政策。
建筑工程价款包括以下方面：
1、预付款。预付款指开工前发包人应预付给承包人用于为合同工程施工准备的款项。施工准备事项包括购置材料、工程设备、施工设备、修建临时设施以及组织施工队伍进场等。预付款比例一般不低于合同金额的10％，不高于合同金额的30％。
2、进度款。进度款指施工期间发包人根据工程完成情况应支付给承包人的一种工程价款。在工程实践中，发包人同意支付进度一般为合同价的70％，进度款有三种支付方式：
（1）按形象进度分阶段支付；
（2）是按照已完工程量分期间支付；
（3）是按照阶段及期间混合支付。
3、结算款。结算款，即竣工结算款，指工程竣工结算后发包人应该支付给承包人的除质保金外的剩余工程价款。竣工结算款等于竣工结算价减去质保金和已付款后的金额。竣工结算款支付的前提条件是工程竣工验收合格。
工程款讨要法院起诉流程：
1、当事人起诉，首先应提交起诉书，并按对方当事人人数提交相应份数的副本。
2、根据＂谁主张谁举证＂原则，原告向法院起诉应提交相关材料。
3、当事人向法院提交书证，应填写一式两份证据清单，详细列明提交证据的名称、页数。证据经法院承办人核对后，由承办人在证据清单上 签字盖章，一份交当事人，一份备案。
4、立案庭在当事人履行必须的手续和交齐有关证据材料之后，在七天内，对符合立案条件的，办理立案手续；对不符合立案条件的，依法裁定不予受理。
5、当事人应在收到受理通知书之日起七天内预交案件受理费和其他诉讼费用，如确有困难，可在预交期内向本院提出减、缓、免交的书面申请，逾期不交或者书面申请交未获批准而仍不预交的，本院将裁定按自动撤诉处理。
6、立案手续后，案件由法院排期开庭，当事人应服从法院的各项工作安排，并于结案后到财务室结算诉讼费用，多退少补。
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